将值从 R 传递到 C 后接收 *** 捕获 segfault ***、“内存未映射”和损坏的结果答案

【问题标题】：Receiving *** caught segfault ***, 'memory not mapped' and mangled results after passing values from R to C将值从 R 传递到 C 后接收 *** 捕获 segfault ***、“内存未映射”和损坏的结果
【发布时间】：2017-07-22 22:15:29
【问题描述】：

我正在尝试实现 R 与 C 的简单集成。最初它很简单：我想通过 .C 或 .Call 函数将值从 R 传递到内置于 .o 共享库中的 C 函数。 C 函数应该简单地打印通过 printf 传入的值。

这是我的.Call 方法：

.Call("test", as.integer(5), as.character("A"), as.character("string_test"))

还有我的 C 代码：

#include <stdio.h>

void test(int integer, char character, char **str) {
        printf("Integer: %i\nChar: %c\nString: %s\n", integer, character, *str);
}

但是当我通过控制台从 R 调用 C 函数（RStudio 崩溃）并启用 gdb 时，我收到：

Integer: 1466480376  
Char: �  
Float: -100407552.000000  
String:   
***caught segfault ***  
address 0x20000090, cause 'memory not mapped'

Traceback:
 1: .Call("test", as.integer(5), as.character("A"), as.character("string_test"))

好像还不够，我们可以看到传入的值打印得很奇怪。

我所做的详细信息，一步一步：

我用gcc构建了.o共享库：

gcc -shared -o func_teste.o -fPIC func_teste.c

并准备在R环境中动态加载：

$ R CMD SHLIB func_teste.o 
gcc -m64 -I/usr/include/R -DNDEBUG   -I/usr/local/include   -fpic  -O2 -g -pipe -Wall -Werror=format-security -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector-strong --param=ssp-buffer-size=4 -grecord-gcc-switches -specs=/usr/lib/rpm/redhat/redhat-hardened-cc1 -m64 -mtune=generic  -c func_teste.c -o func_teste.o
gcc -m64 -shared -L/usr/lib64/R/lib -Wl,-z,relro -specs=/usr/lib/rpm/redhat/redhat-hardened-ld -o func_teste.so func_teste.o -L/usr/lib64/R/lib -lR

最后，在 R 控制台中，我运行了：

>dyn.load('func_teste.o')
>.Call("test", as.integer(5), as.character("A"), as.character("string_test"))

有人知道为什么会这样吗？

【问题讨论】：

看起来 GNU（或 R 团队）提供了出色的文档。另见Writing R Extensions。更一般地，请参阅The R Manuals。我有点羡慕文档有多好。
OP 似乎将 .C() 调用约定与 .Call() 用法混淆了。

标签： c r linux segmentation-fault

【解决方案1】：

R 提供了两个主要功能用于与 C 代码（以及因此 C++ 代码或任何其他能够使用 C 接口的语言）进行交互： - .C() 是使用 int*, double*, ... 等的旧接口 - .Call() 是使用 SEXP 对象的更新、更强大的接口

现在，.Call() 看起来更复杂，但它功能强大得多而且更安全。几乎普遍的共识是，不应再使用.C()（参见 r-devel 列表和其他地方的各种讨论）。

.Call() 的主要缺点是你需要学习如何打包和解包你的值。或者......你作弊，让 Rcpp 为你做这件事。因此，这里是 OP 示例的单行解决方案：

> library(Rcpp)
> cppFunction("void mytest(int i, char c, std::string str) { printf(\"Integer: %i  Char: %c  String: %s\\n\", i, c, str.c_str()); }")
> mytest(42L, 'Q', "a boat")
Integer: 42  Char: Q  String: a boat
>

我将char* 设为字符串。请注意，cppFunction() 需要转义字符串，您可能需要查看sourceCpp() 和包以进行实际工作。 Rcpp 文档有详细信息。

【讨论】：

【解决方案2】：

不要在"string_test"上as.character。
在这里阅读更多：http://mazamascience.com/WorkingWithData/?p=1067

【讨论】：