您的程序不会在其输出末尾打印换行符，因此当它退出时光标位于非空行的末尾。 shell 不知道这一点，并在那里打印下一个提示。
echo foo 包含一个尾随换行符，因此当 shell 打印下一个提示时，光标已经位于新行的开头。 echo -n foo 不包含尾随换行符，因此它将光标留在以 foo 开头的行的末尾，并且您的提示符会附加到该行的末尾，就像您的程序一样。将这些 echo 命令通过管道传输到 hd 以查看它们打印的 ASCII 字符的十六进制转储。
因此，解决方案是确保您的输出以换行符结尾（ASCII 码 = 10）。你的msg4: db 10, "Read error", 10 字符串中已经有了它。 （它以换行符开头并以一个结尾。）在 C 中，你会写 `"\nRead error\n"，但 NASM 语法不是这样工作的。它确实支持反引号字符串中的 C 样式转义，但人们通常会使用数字常量编写换行符。
您的用户输入（您从 sys_read 获得）通常应该以换行符结尾，除非用户在一行中键入 256 个字符，或者使用 ctrl-D 使 read 提前返回。 （或者类似的管道输入不以换行符结尾，因此读取命中 EOF）。
我开始遵循比较的逻辑，但很快就厌倦了。我不确定您输入中的换行符会发生什么，但我怀疑您的代码修改了缓冲区中的换行符。您可能应该避免这种情况，并保持它们不变。我想您只需将它们添加到您的比较和分支列表中，以便不修改字符。
对于 rot13 程序来说，这可能比在缓冲区末尾添加一个额外的换行符或额外调用 sys_write 一次以自行打印一个换行符更有用。
您可以使用strace 测试您的程序发出的系统调用。例如strace ./a.out 将解码您进行的 read() 和 write() 系统调用。
有关更多调试技巧，请参阅x86 标签 wiki 的底部。 （除此之外还有很多有用的东西）。
顺便说一句，您可以使用 SSE2 在 xmm 寄存器中并行进行所有 cmp al, '?' 比较（广播到 xmm 寄存器的每个元素，并且 PCMPEQB 具有常数/PMOVMSKB/test/jnz）。但是，在您很好地处理标量代码之前，请不要担心这一点。
另一种避免 CMP/JCC 老鼠窝的方法是将字母字符列入白名单，默认情况下不修改输入字符。
我不知道你为什么只将'1'列入黑名单，而不是其他号码，或者'+'而不是'-'，等等。
以下是我实现循环的方式，其中包含一些“高级”技巧，可将多个相似条件合并为单个条件。有关 isalpha() 的无符号比较技巧的说明，请参阅我在 How to access a char array and change lower case letters to upper case, and vice versa 上的回答。
;; ROT13 alphabetic characters. Copy others unmodified.
;; Untested
L1_top:
movzx eax, [esi] ; get a character
inc esi ; update source pointer
mov edx, eax ; save a copy of the original
or al, 0x20 ; make it lower-case if it's a letter (but we can still detect non-letters after this)
sub al, 'a' ; chars below 'a' will wrap to a high value
cmp al, 'z'-'a'
ja .non_alpha ; jump if the sub wrapped, or the char was greater than 'z'
; input char was alphabetic
sub dl, 13 ; modify the original character
sub al, 13 ; check if that takes us out of the alphabet. Can be a CMP, not SUB if we want.
jnc .nocarry
add dl, 26 ; add 26 if the subtract wrapped
;add al, 26 ; we don't care about the value in al anymore
.nocarry:
; dl = the ROT13'ed character, with its original case
.non_alpha:
mov [edi], dl
inc edi
dec ecx ; I'm not sure what all the cmp ecx,0 in various branches was for. Just do it earlier if necessary.
jnz L1_top
原本我打算在 AL 中实际计算 ROT13 的小写字符，然后找出它与原始小写字符之间的差异，并将其应用于 DL。但后来我意识到我可以有条件地修改早期分支中的 DL。
;; after the or al,0x20: mov ah, al ; don't over-do it with upper-half byte registers. False dependencies on AMD, and partial-reg merging stalls or slowdowns on pre-Haswell Intel if you're not careful.
add al, 'a' ; 'a' + al is the lower-cased ROT13 of the input character
sub ah, al ; ah = lcase(orig) - lcase(rot13)
sub dl, ah ; apply that delta to the original in dl
; dl is the original character - 13 (plus 26 if necessary)