全新安装 IPython 中的 libpng 版本不兼容答案

【问题标题】：libpng version incompatibility in fresh installation of IPython全新安装 IPython 中的 libpng 版本不兼容
【发布时间】：2014-04-06 18:38:55
【问题描述】：

我使用this guide 为 Python 安装了“科学堆栈”（OSX 10.9.2、brewed Python 2.7.6、IPython 2.0、matplotlib 1.3.1、libpng 1.6.10）。一切看起来都很好。

但是，尝试在 IPython 的笔记本环境中使用 --pylab=inline 运行一个简单的绘图会给我这个错误：

/usr/local/Cellar/python/2.7.6/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/IPython/core/formatters.py:239: FormatterWarning: Exception in image/png formatter: Could not create write struct FormatterWarning,

在终端中显示：libpng warning: Application built with libpng-1.5.17 but running with 1.6.10

据我所知，我没有安装其他 libpng。我尝试从/usr/local/ 中删除以libpng 开头的所有文件并重新安装所有文件，但无济于事。构建 matplotlib (pip install matplotlib) 的输出包含：

BUILDING MATPLOTLIB
            matplotlib: yes [1.3.1]
                python: yes [2.7.6 (default, Mar 16 2014, 15:04:47)  [GCC
                        4.2.1 Compatible Apple LLVM 5.1 (clang-503.0.38)]]
              platform: yes [darwin]

REQUIRED DEPENDENCIES AND EXTENSIONS
                 numpy: yes [version 1.8.1]
              dateutil: yes [using dateutil version 2.2]
               tornado: yes [using tornado version 3.2]
             pyparsing: yes [using pyparsing version 2.0.1]
                 pycxx: yes [Couldn't import.  Using local copy.]
                libagg: yes [pkg-config information for 'libagg' could not
                        be found. Using local copy.]
              freetype: yes [version 17.2.11]
                   png: yes [version 1.6.10]

OPTIONAL SUBPACKAGES
           sample_data: yes [installing]
              toolkits: yes [installing]
                 tests: yes [using nose version 1.3.1]

OPTIONAL BACKEND EXTENSIONS
                macosx: yes [installing, darwin]
                qt4agg: yes [installing, Qt: 4.8.6, PyQt4: 4.10.4]
               gtk3agg: no  [Requires pygobject to be installed.]
             gtk3cairo: no  [Requires cairo to be installed.]
                gtkagg: no  [Requires pygtk]
                 tkagg: yes [installing, version 81008]
                 wxagg: no  [requires wxPython]
                   gtk: no  [Requires pygtk]
                   agg: yes [installing]
                 cairo: no  [cairo not found]
             windowing: no  [Microsoft Windows only]

OPTIONAL LATEX DEPENDENCIES
                dvipng: no
           ghostscript: no
                 latex: no
               pdftops: no

所以在我看来 matplotlib 应该针对 libpng 1.6.10 编译？有人可以帮我弄清楚发生了什么吗？

【问题讨论】：

我应该补充一点，带有 MacOSX 后端图形的标准 IPython 终端环境可以正常工作。
是的！谢谢！我用/opt/X11/include/libpng15/png.h 和其他一些类似的方式安装了 XQuartz。删除它们并重新编译解决了我的问题。
供将来参考：下载 Anaconda 之类的东西可能更容易，它会安装整个 Scipy 堆栈，而不是单独安装所有部分。
我也遇到了同样的问题，你能具体说明你做了什么吗？
我跑了sudo find / -name "png*.h" 来找到@Glenn 提到的头文件。我在/opt/X11 中注意到了一些，它属于 XQuartz。于是我跟着this guide把XQuartz删了，用pip重新安装了matplotlib和ipython。

标签： macos ipython homebrew

【解决方案1】：

@glenn-randers-pehrson 提供的答案的扩展：

pip uninstall matplotlib
cd /opt/X11/include/libpng15
mv png.h _png.h
mv pngconf.h _pngconf.h
mv pnglibconf.h _pnglibconf.h
pip install matplotlib
(if needed remove the old directory or use the force option)

(now move the .h files back to their original locations)

【讨论】：

如果你通过 homebrew 安装 libpng，通过 brew cask 安装 xquartz，你可以暂时卸载 xquartz，安装 matplotlib（它将针对 homebrew 的 libpng 进行编译，然后重新安装 xquartz。
有必要把它们移回去吗？
这个解决方案对我有用，我从不费心将 .h 文件移回原来的位置。

【解决方案2】：

查找以“png”开头的旧头文件（png.h、pngconf.h，也许还有其他）并删除它们。

【讨论】：

【解决方案3】：

为了记录（从上面的 cmets 开始）：

移除 X11

launchctl unload /Library/LaunchAgents/org.macosforge.xquartz.startx.plist
sudo launchctl unload /Library/LaunchDaemons/org.macosforge.xquartz.privileged_startx.plist
sudo rm -rf /opt/X11* /Library/Launch*/org.macosforge.xquartz.* /Applications/Utilities/XQuartz.app /etc/*paths.d/*XQuartz
sudo pkgutil --forget org.macosforge.xquartz.pkg

那么，

如果您安装了 matplotlib / python，请根据需要运行以下命令：

pip uninstall matplotlib
pip uninstall ipython

那么，

pip install matplotlib
pip install ipython

如果需要，可以从https://www.macupdate.com/app/mac/26593/xquartz重新安装XQuartz。

[注意：这确实会重新添加 /opt/X11/include/libpng15/png.h 等文件，但之后 ipython 工作正常。]

【讨论】：

【解决方案4】：

虽然有多个 libpng 副本有点荒谬，但这个问题是由于 pip 编译器和 python 的路径不同造成的。你也可以通过路径修复这个问题，然后重新编译，不过上面的解决方案也可以。

【讨论】：