如何加快R中的以下功能？

Question

我有一个名为“marketdata”的数据框，其中包含 3,000,000 行（行名：1 到 3,000,000）和 2 列（列名：“mid”、“bo”）。

> head(marketdata)
    mid    bo  
1   250    0.05
2   251    0.07
3   252    0.13
4   249    0.08
5   250    0.12

我的功能如下：

movingWindow <- function (submarketdata) {
   temp <- submarketdata[submarketdata$bo <= 0.1, ]   
   return( c(mean(temp$mid), NROW(temp)/100) )
}

result <- lapply(c(101:NROW(marketdata)), function(i) movingWindow( marketdata[ (i-99):i , ] ))

例如，对于第 101 行，我将搜索 marketdata[2:101,]。然后找出那些“bo”值

但是，此脚本运行速度非常慢。完成所有 3,000,000 行大约需要 15 分钟。任何人都可以帮我加快速度吗？谢谢。

Answer 1

set.seed(42)
marketdata <- data.frame(mid=runif(200, 245, 255),
                 bo=runif(200, 0, 0.2))

movingWindow <- function (submarketdata) {
  temp <- submarketdata[submarketdata$bo <= 0.1, ]   
  return( c(mean(temp$mid), NROW(temp)/100) )
}

result <- t(sapply(c(101:NROW(marketdata)), function(i) movingWindow( marketdata[ (i-99):i , ] )))

#faster alternative:
library(zoo)
r1 <- rollmean(marketdata$bo <= 0.1, 100)
all.equal(r1[-1], result[,2])

r2 <- rollsum((marketdata$bo <= 0.1)*marketdata$mid, 100)/(100*r1)

result2 <- cbind(r2, r1)

#same result?
all.equal(result, unname(result2[-1,]))
#[1] TRUE

#base R alternative (assuming there are no NA values in your data)
r1a <- na.omit(filter(marketdata$bo <= 0.1, rep(0.01, 100)))
r2a <- na.omit(filter((marketdata$bo <= 0.1)*marketdata$mid, rep(1, 100)))/(100*r1a)
result2a <- cbind(r2a, r1a)

#same result?
all.equal(result, unname(result2a[-1,]))
#[1] TRUE

备选方案多给出一个值（第一个值）。否则结果是相同的，并且两种选择都快得多。

示例的基准：

Unit: microseconds
        expr        min        lq    median        uq       max neval
    original  19006.144 19435.262 20824.245 21243.524 52965.168   100
alternative1   1444.574  1525.774  1607.264  1646.524  3486.940   100
alternative2    975.366  1006.913  1071.305  1106.437  3117.709   100