根据bash中的字符串删除多行并遵循答案

【问题标题】：Remove multiple lines and following based on string in bash根据bash中的字符串删除多行并遵循
【发布时间】：2015-10-08 08:18:00
【问题描述】：

我有一个（fasta）文件input.fa，看起来像这样

>coucou
GAGAGATAGTATAGATATATAGGATATATA
>hello_world
GATATATTCTCTCTGAFAGACGACGACFGACTACTACGAC
>ziva_wesh
HAHTAHTAHTAHCGAGAGACAGCAGCAGCACTTACTACATCHBACAHCAHCAHA

我想摆脱两者

>coucou
GAGAGATAGTATAGATATATAGGATATATA

和

>ziva_wesh
HAHTAHTAHTAHCGAGAGACAGCAGCAGCACTTACTACATCHBACAHCAHCAHA

我正在做的是（基于@Hai Vu 的this solution）

$awk '/hello/{getline;next} 1' input.fa | awk '/coucou/{getline;next} 1'
>ziva_wesh
HAHTAHTAHTAHCGAGAGACAGCAGCAGCACTTACTACATCHBACAHCAHCAHA

有没有办法做到这一点（使用awk 或sed 或perl 脚本）而不将第一个awk 结果“管道”到第二个awk 命令？（类似/hello&coucou/{getline;next} 1' input.fa）

感谢您的回答！

【问题讨论】：

我没有测试 GNU grep 解决方案egrep -A1 -v "hello|coucou" input.fa，这行得通吗？
@Walter A 我的输出是：GAGAGATAGTATAGATATATAGGATATATA >hello_world GATATATTCTCTCTGAFAGACGACGACFGACTACTACGAC >ziva_wesh HAHTAHTAHTAHCGAGAGACAGCAGCAGCACTTACTACATCHBACAHCAHCAHA 所以它似乎只是删除了第一个出现的coucou

标签： bash awk sed pipe fasta

【解决方案1】：

一种简单的方法：

$ awk '/hello/{getline;next} /coucou/{getline;next} 1' input.fa 
>ziva_wesh
HAHTAHTAHTAHCGAGAGACAGCAGCAGCACTTACTACATCHBACAHCAHCAHA

或者，如果您愿意：

$ awk '/(hello)|(coucou)/{getline;next} 1' input.fa 
>ziva_wesh
HAHTAHTAHTAHCGAGAGACAGCAGCAGCACTTACTACATCHBACAHCAHCAHA

【讨论】：

太棒了！谢谢！ :)
如果你不想重复{getline;next}，你可以像刚刚添加的第二个例子那样做一个复合正则表达式。

【解决方案2】：

一个简单的 sed 命令也可以处理这个问题：

sed -nr '/>(hello|coucou)/{N;d};p' file
>ziva_wesh
HAHTAHTAHTAHCGAGAGACAGCAGCAGCACTTACTACATCHBACAHCAHCAHA

【讨论】：

【解决方案3】：

这可能对你有用（GNU sed）：

sed -r '/>(coucou|ziva_wesh)/,+1d' file

这将删除 2 行的范围（包含 >coucou 或 >ziva_wesh 的行和以下行的匹配）。

【讨论】：