bcftools 视图的输出格式

【问题标题】：Output format of bcftools viewbcftools 视图的输出格式
【发布时间】：2021-03-04 10:14:47
【问题描述】：

我正在使用 Bcftools 从 GVCF 文件中提取单个样本 VCF。

bcftools view -f -Oz -s Sample_name -o output_sample.vcf.gz input_file.vcf.gz

不幸的是，输出的格式似乎不是 Bgzip 压缩的，尽管使用了 -Oz 标志。

    bcftools index output_sample.vcf.gz
the file is not BGZF compressed

有人知道为什么会这样吗？

【问题讨论】：

【解决方案1】：

你也可以试试

bgzip -c outputfile.vcf > outputfile.vcf.gz

别忘了为您的文件编制索引

bcftools index outputfile.vcf.gz

【讨论】：