使用互信息作为相似性度量的层次聚类？

Question

我想使用scipy.cluster.hierarchy.linkage 来计算我的数据的链接结构。我需要使用的相似性度量是Mutual Information。我可以很容易地计算出相应的相似度矩阵。但是，linkage 函数只接受距离矩阵。

使用 scipy（或其他 python 库），如何使用互信息作为相似性度量来计算链接结构？ 我可以将类似矩阵转换为距离矩阵吗？

Answer 1

根据@cel 所指的paragraph on wikipedia，Jaccard distance 是互信息的距离变体。来自 scipy 的模块 distance.pdist 支持使用 Jaccard 距离计算距离矩阵。