PBS/Torque 无法最终确定计算结果答案

【问题标题】：PBS/Torque cannot finalize the result of computationPBS/Torque 无法最终确定计算结果
【发布时间】：2018-02-05 15:17:01
【问题描述】：

我已经在 Ubuntu 机器上安装了 Torque（它是服务器和唯一的节点）。除了最终确定部分之外，其他工作似乎都运行良好。

当工作结束时，我会得到类似的东西

PBS Job Id: 17.ubuntu-server
Job Name:   dm.job
Exec host:  ubuntu-server/0
An error has occurred processing your job, see below.
Post job file processing error; job 17.ubuntu-server on host ubuntu-server/0

Unable to copy file /var/spool/torque/spool/17.ubuntu-server.OU to user@ubuntu-server:/home/user/test/dm.job.o17
*** error from copy
Permission denied (publickey,password).
lost connection
*** end error output
Output retained on that host in: /var/spool/torque/undelivered/17.ubuntu-server.OU

Unable to copy file /var/spool/torque/spool/17.ubuntu-server.ER to user@ubuntu-server:/home/user/test/dm.job.e17
*** error from copy
Permission denied (publickey,password).
lost connection
*** end error output
Output retained on that host in: /var/spool/torque/undelivered/17.ubuntu-server.ER

据我了解，问题在于使用 ssh 密钥进行身份验证。它尝试将一些文件 scp 到作业文件夹，但 ssh 权限是错误的。我将自己的 id_rsa.pub 放入 authorized_keys （以及 root 也是），但仍然没有运气。

所以有几个问题相关：

在哪些用户作业下运行？我想，如果我写qsub dm.job，它会在我的用户下运行。因此，如果我能够从user@ubuntu-server ssh 到user@ubuntu-server（我就是），那么作业输出 scp'ing（仍然是）应该没有问题。如果是 root 用户执行作业，如何正确设置 ssh 凭据和密钥？
如何修复此权限错误？

有点离题，但相关。为什么有几个脚本名称无法识别？例如，我可以写

> julia -v
julia version 0.6.0

在根目录下和我自己下。但是当我在工作中运行时，它会记录

/var/spool/torque/mom_priv/jobs/18.ubuntu-server.SC: line 5: julia: command not found

【问题讨论】：

标签： ssh pbs torque

【解决方案1】：

作业没有从您的提交节点运行；它被分配给一个计算节点以执行，因此文件正在从该计算节点scp'ed到您提交的节点。您可以通过运行qstat -f | grep exec_host 来检查作业的运行位置。前面应该有一些看起来像 hostname\index 的东西，之后可能会有一些东西。第一个主机名是作业正在执行的位置（除非您在 Cray 上，在这种情况下它是第二个主机名）。

【讨论】：