有没有办法从 R 脚本中的文件中读取参数？
我想创建一个配置文件
db_host=xxxx
db_name=xxxx
db_user=xxxx
db_pass=xxxx
然后在 R 脚本中使用它来创建数据库连接。
dbConnect(PgSQL(), host="xxxx", dbname="xxxxx", user="xxxx", password="xxxxx")
然后我如何在 R 脚本中使用它。
已编辑：我还想知道是否有一种方法可以跨 R 脚本、Perl 脚本和 Java 使用单个配置文件？
【问题讨论】：
我会选择 YAML。与 XML 不同，专为人类可读性而设计。 CRAN 上存在 R 包“yaml”，我确定 perl 和 java 包也存在。
http://ftp.heanet.ie/mirrors/cran.r-project.org/web/packages/yaml/index.html
您无法获得比这更多的跨平台：
至少在我编写 YAML FORTRAN 包之前...
[编辑]
示例。假设你有 config.yml:
db:
host : foo.example.com
name : Foo Base
user : user453
pass : zoom
然后 yaml.load_file("config.yml") 返回：
$db
$db$pass
[1] "zoom"
$db$user
[1] "user453"
$db$name
[1] "Foo Base"
$db$host
[1] "foo.example.com"
所以你这样做：
library(yaml)
config = yaml.load_file("config.yml")
dbConnect(PgSQL(), host=config$db$host, dbname=config$db$name, user=config$db$user, password=config$db$pass)
根据需要添加尽可能多的部分和参数。亲爱的。
yaml.load_file 将您的配置作为 R 列表返回，您可以使用 $-notation 访问列表的命名元素。
【讨论】：
Error: could not find function "yaml.load_file" Execution halted。我已经使用install.packages("yaml", dependencies=TRUE) 在我的 R 安装中安装了 YAML 包，它确实成功完成了。你能帮我解决这个问题吗？
library(yaml) 调用yaml.load_file 之前加载了yaml 包吗？
您可以source() 在读取配置文件参数的主脚本顶部添加一个 R 脚本。根据您与谁共享脚本，可能存在数据库安全问题和未加密格式的登录信息。最近有一个关于这个的问题，我会看看我能不能在一分钟内找到它。
无论如何，将所有 db 参数存储在名为 config.R 的文件中，然后在主脚本上运行：
source("config.R") #Will create four objects named "db_host, db_name, db_user, db_pass"
dbConnect(PgSQL(), host=db_host, dbname=db_name, user=db_user, password=db_pass)
【讨论】：
help(Sys.getenv)。环境变量确实可以提供帮助。
如果您建议使用等号拆分列，内置 R 函数 read.table 可以很好地处理这种 INI 格式。
key.val <- read.table(filename, sep="=", col.names=c("key","value"), as.is=c(1,2))
如果您想要更传统的 INI 行为，以便可以使用多个配置文件，请尝试将键值对分配给 R 环境。例如：
read.config <- function(filename) {
conf.vars <- new.env()
for (f in filename) {
if (file.exists(f)) {
header <- 1
key.val <- read.table(f, sep="=", col.names=c("key","value"), skip=header,
as.is=c(1,2))
for (kidx in seq(length(key.val$key))) {
assign(key.val[["key"]][kidx], key.val[["value"]][kidx], envir=conf.vars)
}
}
}
return(conf.vars)
}
get.config <- function(name) {
kv.env=read.config(c("project.cfg","project_local.cfg"))
return(kv.env[[name]])
}
【讨论】：
您在这里描述的是对跨系统、平台、语言等通用配置的渴望......
这是一个很大的话题，并且已经泼了很多墨水。有些人将 XML 视为答案，而另一些人则更喜欢 JSON 等更简单的相关格式。您也可以尝试 Apache 风格的配置文件，因为大多数 语言都有相应的库（但 R 可能是个例外）。
我碰巧喜欢Google ProtocolBuffers，它快速、高效、跨平台、多语言、向前兼容……但有一个缺点是不是 ascii 文件（尽管您可以先读取 ascii 文件，然后再读取创建原型文件）。对于 R，有 RProtoBuf 包。
【讨论】：
如果您使用 INI 配置文件，则可以使用 ini 包。例如：
library(ini)
config <- read.ini('/config/database.ini')
【讨论】：