设置 LD_LIBRARY_PATH 时，R 和外部 C 库“无法打开共享对象文件”答案

【问题标题】：R and external C library " cannot open shared object file" while LD_LIBRARY_PATH is set设置 LD_LIBRARY_PATH 时，R 和外部 C 库“无法打开共享对象文件”
【发布时间】：2014-07-25 12:27:09
【问题描述】：

我正在为 R 构建一个 C 扩展，这个库也使用 HDF5 库。

我编译了一个动态库（gcc 标志：-fPIC -shared -Wl,-soname,libmy.so -o ../lib/libmy.so 在“lib”目录中：

$ file /path/to/my/lib/libmy.so

/path/to/my/lib/libmy.so: ELF 64-bit LSB shared object, AMD x86-64, version 1 (SYSV), not stripped

LD_LIBRARY_PATH 已设置：

$ echo $LD_LIBRARY_PATH 
/path/to/hdf5/lib:/path/to/my/lib

现在当我想从目录 /path/to/my/src 中加载我的库时

dyn.load("libmy.so")

我收到以下错误：

Error in dyn.load("libmy.so") : 
  unable to load shared object '/path/to/my/src/libmy.so':
  /path/to/my/src/libmy.so: cannot open shared object file: No such file or directory
Execution halted

如果 libmy.so 被移动到我当前的工作目录（我不想要这个）

 mv ../lib/libmy.so ./

该库似乎已加载，但 R 仍然缺少 hdf5 库中的符号：

Error in dyn.load("libmy.so") : 
  unable to load shared object ' /path/to/my/src/libmy.so':
  /path/to/my/src/libmy.so: undefined symbol: H5T_C_S1_g
Execution halted

我也尝试了 load("my.so") 而不是 "libmy.so"。

如何加载我的动态库？

谢谢。

编辑：在 github 上添加了一个示例：https://gist.github.com/lindenb/7cd766cbb37de01f6cce

【问题讨论】：

HDF5 库是否在 LD_LIBRARY_PATH 中？
是的，它是$ echo $LD_LIBRARY_PATH path/to/hdf5/lib:/path/to/my/lib
路径是否正确？它应该是绝对的而不是相对的；另外 (a) ldconfig 是永久添加路径的正确方法，并且 (b) 在安装 hdf5 时不应该注意这一点，即重新访问架构的安装说明吗？
是的，这是完整路径，我会修复它。
HDF5 使用经典的 .configure --prexif=/path/ 安装在本地文件夹中

标签： c r dynamic-linking

【解决方案1】：

该解决方案由 John McKown 在 R-Help 邮件列表中提供。

我发现 R 中的 dyn.load() 函数确实不使用 dlopen() 如我所料的例行公事。相反，它执行一个 open()。打开（）函数需要一个特定的文件名，包括路径信息，在命令打开一个文件。它确实 NOT 看起来像 LD_LIBRARY_PATH 环境变量或其他任何东西。

这是我的代码：

load.dynamic.libraries<-function(libnames)
    { 
    for(libname in libnames)
        {
        found_file=libname;
            for(path in unlist(strsplit(Sys.getenv("LD_LIBRARY_PATH"),":",fixed=TRUE))) 
                {
                    try_file <- paste0(path,"/",libname);

                    if( file.exists(try_file) )
                            {

                            found_file = try_file;
                            break;
                            }
                }
            write(paste("Loading :", try_file), stderr())
            dyn.load(found_file);
        }

    }

【讨论】：