如何在 Mathematica 中配置并行远程内核？答案

【问题标题】：How to configure parallel remote kernels in Mathematica?如何在 Mathematica 中配置并行远程内核？
【发布时间】：2011-07-21 22:58:37
【问题描述】：

当我尝试通过评估>并行内核配置在mathematica中配置远程内核时...然后我转到“远程内核”并添加主机。之后，我尝试启动远程内核，但只有其中一些被启动（它们的数量不同）。我收到如下消息。

KernelObject::rdead: 出现通过remote[nodo2]连接的子内核死的。 >> LinkConnect::linkc: 无法连接到链接对象[36154@192.168.1.104,49648@192.168.1.104,38,12]。 >> General::stop: LinkConnect::linkc 的进一步输出将被抑制在这个计算过程中。 >>

任何想法如何让它工作？

考虑到它有时会加载一些远程内核，但不会加载全部。提前致谢。

这是我对$ConfiguredKernels // InputForm 的输出

{SubKernels`LocalKernels`LocalMachine[4], 
 SubKernels`RemoteKernels`RemoteMachine["nodo2", 2], 
 SubKernels`RemoteKernels`RemoteMachine["nodo1", 2], 
 SubKernels`RemoteKernels`RemoteMachine["nodo3", 2], 
 SubKernels`RemoteKernels`RemoteMachine["nodo4", 2], 
 SubKernels`RemoteKernels`RemoteMachine["nodo5", 2]}

一旦它加载了所有内核，但通常不加载，只加载一两个远程内核。

【问题讨论】：

顺便说一句，mathematica 8 会发生这种情况，以前用于mathematica 7。
有人确认或复制过这个问题吗？
我可以确认这不起作用。我尝试通过 Mathematica 8.0.1 上的远程内核接口连接到我自己的本地内核，但失败并显示相同的错误消息。
为了帮助诊断/重现问题，以下信息会很有用：$ConfiguredKernels // InputForm
我刚遇到同样的问题。看来原因是远程机器上的磁盘已满。但这可能只适用于我的情况。

标签： wolfram-mathematica mathematica-8

【解决方案1】：

给出的信息很少，所以这个答案可能不是 100% 有用。

要始终考虑的第一个问题是远程计算机上的许可。如果某些内核启动，而其他内核未启动，则可能是您已用完该机器上的内核许可。本文的其余部分将假设许可不是问题。

连接方式

Mathematica 中的远程内核接口默认采用 rsh 协议，这对于许多环境来说不是正确的选择，因为 rsh 是不是一个非常安全的协议。

另一个选项是 ssh，它得到了更广泛的支持。 ssh 客户端有很多，但我将重点介绍 Mathematica 中包含的一个客户端，即 WolframSSH.jar。这个客户端是基于 java 的，它的额外好处是可以在 Mathematica 支持的所有平台（Mac、Window 和 Linux）上工作。

为避免每次内核连接都必须输入密码，创建一个私钥/公钥对很方便。私钥保留在您的计算机上，而公钥需要放在远程计算机上（通常在远程主目录的 .ssh 文件夹中）。

要生成私钥/公钥对，您可以使用 WolframSSHKeyGen.jar 文件，如下所示：

java -jar c:\path\to\mathematica\SystemFiles\Java\WolframSSHKeyGen.jar

并按照出现的对话框中的说明进行操作。完成后，将公钥复制到 .ssh 文件夹在远程机器上。在我的例子中，我将键称为kernel_key，而kernel_key.pub 是自动以这种方式命名的。

您现在可以从命令行测试连接，如下所示（在远程机器上使用ls 命令）：

java -jar c:\path\to\mathematica\SystemFiles\Java\WolframSSH.jar --keyfile kernel_key arnoudb@machine.example.com ls

如果可行，您应该能够完成 Mathematica 方面的工作。

远程内核连接

要建立连接，您需要以下设置，远程机器的名称：

machine = "machine.example.com";

登录名，通常是 $UserName:

user = $UserName;

ssh 二进制位置：

ssh = FileNameJoin[{$InstallationDirectory, "SystemFiles", "Java", "WolframSSH.jar"}];

如上所述的私钥：

privatekey = "c:\\users\\arnoudb\\kernel_key";

内核的启动命令：

math = "math -mathlink -linkmode Connect `4` -linkname `2` -subkernel -noinit >& /dev/null &";

一个把所有东西放在一起的配置函数：

ConfigureKernel[machine_, user_, ssh_, privatekey_, math_, number_] :=
 SubKernels`RemoteKernels`RemoteMachine[
  machine,
  "java -jar \"" <> ssh <> "\" --keyfile \"" <> privatekey <> "\" " <> user <> "@" <> machine <> " \"" <> math <> "\"", number]

这使用了配置函数并将其定义为使用 4 个远程内核：

remote = ConfigureKernel[machine, user, ssh, privatekey, math, 4]

这会启动内核：

LaunchKernels[remote]

此命令验证内核是否都已连接和远程：

ParallelEvaluate[$MachineName]

【讨论】：