R：如何提取树状图某个节点中的所有标签答案

【问题标题】：R: How to extract all labels in a certain node of a dendrogramR：如何提取树状图某个节点中的所有标签
【发布时间】：2018-08-26 10:40:12
【问题描述】：

我正在编写一个程序（作为它的一部分）自动从输入数据集创建树状图。对于每个节点/拆分，我想提取 all 该节点下的标签和该节点在树状图上的位置（对于进一步的绘图目的）。所以，假设我的数据如下所示：

> Ltrs <- data.frame("A" = c(3,1), "B" = c(1,1), "C" = c(2,4), "D" = c(6,6))
> dend <- as.dendrogram(hclust(dist(t(Ltrs))))
> plot(dend)

The dendrogram

现在我可以提取分割/节点的位置：

> library(dendextend)
> nodes <- get_nodes_xy(dend)
> nodes <- nodes[nodes[,2] != 0, ]
> nodes
      [,1]     [,2]
[1,] 1.875 7.071068
[2,] 2.750 3.162278
[3,] 3.500 2.000000

现在我想为每个节点获取一个节点下的所有标签（/row 来自“nodes”变量）。

这应该看起来像这样：

$`1`
[1] "D" "C" "B" "A"

$`2`
[1] "C" "B" "A"

$`3 `
[1] "B" "A"

谁能帮帮我？在此先感谢:)

【问题讨论】：

我发现使用树状图结构非常令人困惑。使用hclust 对象和cutree 可能会容易得多。你剪了例如循环不同的k 选项以到达节点。

标签： r nodes labels dendrogram members

【解决方案1】：

这样的事情怎么样？

library(tidyverse)
library(dendextend)
Ltrs <- data.frame("A" = c(3,1), "B" = c(1,1), "C" = c(2,4), "D" = c(6,6))
dend <- as.dendrogram(hclust(dist(t(Ltrs))))

accumulator <- list();
myleaves <- function(anode){
    if(!is.list(anode))return(attr(anode,"label"))
    accumulator[[length(accumulator)+1]] <<- (reduce(lapply(anode,myleaves),c))
}

myleaves(dend);
ret <- rev(accumulator); #generation was depth first, so root was found last.

最好对此进行测试。我不是很值得信赖。特别是，我真的希望列表 ret 的顺序是有意义的，否则将条目与正确的节点关联起来会很痛苦！祝你好运。

【讨论】：

谢谢史蒂夫。确实 ret 列表的顺序有点奇怪。我认为它与 hclust$merge 变量中的顺序相同。我会调查一下，再次感谢

【解决方案2】：

函数partition_leaves() 提取每个节点的所有叶标签，并以与get_nodes_xy() 输出相同的方式排序列表。以你的例子，

Ltrs <- data.frame("A" = c(3,1), "B" = c(1,1), "C" = c(2,4), "D" = c(6,6))
dend <- as.dendrogram(hclust(dist(t(Ltrs))))
plot(dend)

partition_leaves(dend)

产量：

[[1]]
[1] "D" "C" "A" "B"

[[2]]
[1] "D"

[[3]]
[1] "C" "A" "B"

[[4]]
[1] "C"

[[5]]
[1] "A" "B"

[[6]]
[1] "A"

[[7]]
[1] "B"

按向量长度过滤列表将给出与所需相似的输出。

【讨论】：