如何使用 ADNI 数据集将 ImageDataGenerator 与 nii/NIFTI 文件一起使用

Question

我正在尝试使用 keras 的 ImageDataGenerator 类加载我的数据，但我遇到了麻烦，因为图像文件不是标准的 jpeg/png 图像文件，而是 nii.gz 文件。我找到了这个 github repo https://github.com/sremedios/nifti_image_generator/blob/master/utils/nifti_image.py 但输出的尺寸不匹配并且

train_generator.next()

抛出一个错误

ValueError: could not broadcast input array from shape (233,189) into shape (197,233,189,1)

Answer 1

为了使用 Nii 文件，这是 MR、CT 等医学图像的标准格式。 您必须使用nibabel 库来读取医学影像数据集。
DLTK 库也可从 Google 获得，用于医学成像。