VTK - 如何从 NIFTI 图像中读取每个单元格的张量/矩阵？答案

【问题标题】：VTK - How to read Tensors/Matrix per cell from a NIFTI Image?VTK - 如何从 NIFTI 图像中读取每个单元格的张量/矩阵？
【发布时间】：2015-08-21 10:08:07
【问题描述】：

我正在尝试实现一个基于VTK的MRT-DTI实时光纤跟踪可视化工具。因此，我们需要读取存储在NIFTI图像 (.nii)中的张量/矩阵每个单元和我真的不知道该怎么做。

从 NIFTI 文件中检索单个标量值不是问题，但我不知道如何获取张量（3x3/4x4 矩阵）。我们非常感谢任何帮助！

由于 NIFTIImageReader 应该将张量 NIFTI 图像作为多分量 vtkImage 读取，因此我们尝试了以下操作：

  vtkSmartPointer<vtkImageExtractComponents> extractTupel1 = vtkSmartPointer<vtkImageExtractComponents>::New();
  extractTupel1->SetInputConnection(reader->GetOutputPort());
  extractTupel1->SetComponents(0,1,2);
  extractTupel1->Update();

  vtkSmartPointer<vtkImageExtractComponents> extractTupel2 = vtkSmartPointer<vtkImageExtractComponents>::New();
  extractTupel2->SetInputConnection(reader->GetOutputPort());
  extractTupel2->SetComponents(3, 4, 5);
  extractTupel2->Update();

  vtkSmartPointer<vtkImageExtractComponents> extractTupel3 = vtkSmartPointer<vtkImageExtractComponents>::New();
  extractTupel3->SetInputConnection(reader->GetOutputPort());
  extractTupel3->SetComponents(6, 7, 8);
  extractTupel3->Update();


  extractTupel1->GetOutput()->GetPoint(pointId, tupel1);
  extractTupel2->GetOutput()->GetPoint(pointId, tupel2);
  extractTupel3->GetOutput()->GetPoint(pointId, tupel3);

但它不起作用。也许 GetPoint 方法是错误的选择？请帮忙:)

【问题讨论】：

标签： matrix cell vtk nifti

【解决方案1】：

David Gobbi 的回答，非常感谢他！：

不，GetPoint() 方法不会返回张量值。它将返回体素的坐标。所以这里也不需要 vtkImageExtractComponents。

vtkImageData 始终将体素值存储为其“标量”数组，即使体素值不是标量。

获取标量值的一种简单（但效率低下）的方法是：

GetScalarComponentAsDouble (int x, int y, int z, int component)

对于每个体素，您将使用 component = [0..8] 调用此方法 9 次。

一种更有效的获取张量的方法是从数据中获取标量数组，然后通过pointId查找张量：

reader->Update(); vtkDataArray *tensors = reader->GetOutput()->GetPointData()->GetScalars(); double tensor[9]; tensors->GetTuple(pointId, tensor);

这比 GetScalarComponentAsDouble() 效率高出几个数量级。

【讨论】：