重新排序 Nifti 文件轴答案

【问题标题】：Reorder Nifti file axes重新排序 Nifti 文件轴
【发布时间】：2020-06-25 08:44:59
【问题描述】：

我有一些尺寸为（50、100、50）的 3D nifti 文件。我想翻转 y 和 z 轴，使尺寸为（50、50、100）。执行此操作的最佳方法是什么？如何修改与文件关联的仿射？

目前，我正在将 nifti 文件制作成一个 numpy 数组并像这样交换轴

array = np.asanyarray(niiobj.dataobj)
img_after_resample_swapped_array = np.swapaxes(img_after_reample_array, 1, 2)

我对下一步感到困惑。我知道我可以使用函数 nib.Nifti1Image 将 numpy 数组变成一个 nifti 对象，但是我必须如何修改仿射以考虑轴的变化？

感谢您的帮助。

【问题讨论】：

能否分享您的数据集样本？
@BelalHomaidan 不幸的是，您无权这样做。有什么可以为您解答的吗？
不用了，我只是想看一个样本来测试一下，否则我帮不上什么忙。

标签： python numpy nifti nibabel nilearn

【解决方案1】：

如果你使用 SimpleITK，有一个 PermuteAxes 函数可以看到 Y 和 Z 轴。并且它会正确地保留图像的转换。

下面是一个例子：

import SimpleITK as sitk

img = sitk.ReadImage("tetra.nii.gz")
print (img.GetDirection())

img2 = sitk.PermuteAxes(img, [0,2,1])
print (img2.GetDirection())

sitk.WriteImage(img2, "permuted.nii.gz")

这是 3x3 方向矩阵输出：

(1.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0)
(1.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0, 0.0, 1.0, 0.0)

输入图像具有方向的单位矩阵，对于置换矩阵，Y 和 Z 行交换。

这里是 PermuteAxesImageFilter 和 PermuteAxes 函数的文档：

https://simpleitk.org/doxygen/latest/html/classitk_1_1simple_1_1PermuteAxesImageFilter.html https://simpleitk.org/doxygen/latest/html/namespaceitk_1_1simple.html#a892cc754413ba3b60c731aac05dddc65

【讨论】：