如何通过python3将多个png或Jpeg图像转换为一个nifti图像？

【问题标题】：How to convert Multiple png or Jpeg images into one nifti image by python3?如何通过python3将多个png或Jpeg图像转换为一个nifti图像？
【发布时间】：2020-07-14 14:01:29
【问题描述】：

我有 191 张不同的 png 图片。

如何将它们转换成一张 3d nifti 图像？

【问题讨论】：

你试过什么？你能找到关于 SO 的适用问题吗？
@Naemul 请解释更多，在很多情况下，您不必将图像打包到 nifti 中！您还需要在预测后可能会发生变化的标题和仿射变换矩阵。
@Belal 我有信息（元文件）以及来自原始 nifti 图像的仿射矩阵，我从中获得了 191 个 png 图像，经过一些分析，我想再次将它们转换为 nifti相同的信息。
@Naemul 请在此处查看我的答案Answer

标签： python-3.x nifti medical-imaging

【解决方案1】：

这是一个 SimpleITK python 脚本，可以读取一堆 PNG 图像并输出 3d Nifti 图像：

import SimpleITK as sitk
import glob

file_names = glob.glob('*.png')
reader = sitk.ImageSeriesReader()
reader.SetFileNames(file_names)
vol = reader.Execute()
sitk.WriteImage(vol, 'volume.nii.gz')

脚本假定glob 以正确的顺序获取文件名。此外，创建的 3-d 体积将在 X、Y 和 Z 中具有统一的间距。如果 Z 间距与 X 和 Y 不同，您可以使用任何间距值调用vol.SetSpacing。

【讨论】：