使用 f2py 的分段错误

Question

这是对我在这里提出的问题的跟进... How do I allocate input arrays with f2py?

我已针对 cme​​ts 重新编写了该问题。最初的问题不清楚且太冗长。请参阅下面的评论 1。

我正在尝试使用 f2py 包装各种 fortran 子例程/函数，以读取用 fortran 77 编写的各种原子物理代码的数据输出。我在 Ubuntu 14.04 上使用 Anaconda python 发行版（python 3.4 64 位）（ 64 位）与 gnu 编译器套件（gcc、gfortran 等）

我在尝试在 python 中预分配数组时遇到问题。我最初的问题是关于分配一个字符数组。原来我的形状不对。我已经解决了这个问题（我认为），现在正在处理分段错误。我已经使用 --debug-capi 标志编译了带有 f2py 的 fortran 子例程，以启用详细的错误报告。

这是我在运行 python 脚本时得到的终端输出的相关部分。

debug-capi:Python C/API function adf04_2py.xxdata_04(iunit,titled,iz,iz0,iz1,bwno,npl,bwnoa,lbseta,prtwta,cprta,il,qdorb,lqdorb,qdn,iorb,ia,cstrga,isa,ila,xja,wa,cpla,npla,ipla,zpla,nv,scef,itran,maxlev,tcode,i1a,i2a,aval,scom,beth,iadftyp,lprn,lcpl,lorb,lbeth,letyp,lptyp,lrtyp,lhtyp,lityp,lstyp,lltyp,itieactn,ltied,ndlev=len(ia),ndtrn=shape(tcode,0),ndmet=len(bwnoa),ndqdn=len(qdn),nvmax=len(scef))
debug-capi:int lltyp=:input,required,scalar
debug-capi:lltyp=0

        ####### omitted ##########

debug-capi:int ndmet=len(bwnoa):input,optional,scalar
debug-capi:ndmet=1
debug-capi:Checking `len(bwnoa)>=ndmet'
debug-capi:int ndqdn=len(qdn):input,optional,scalar
debug-capi:ndqdn=1
debug-capi:Checking `len(qdn)>=ndqdn'
debug-capi:int ndlev=len(ia):input,optional,scalar
debug-capi:ndlev=1
debug-capi:Checking `len(ia)>=ndlev'
debug-capi:int lqdorb=:input,required,array,dims((ndqdn*(ndqdn+1))/2|(ndqdn*(ndqdn+1))/2)
debug-capi:string cprta=:input,required,array,string array,dims(ndmet|ndmet,9|9)
debug-capi:double prtwta=:input,required,array,dims(ndmet|ndmet)
debug-capi:double beth=:input,required,array,dims(ndtrn|ndtrn)
debug-capi:string cstrga=:input,required,array,string array,dims(ndlev|ndlev,(*)|(*))
debug-capi:double zpla=:input,required,array,dims(ndmet|ndmet,ndlev|ndlev)
debug-capi:int ltied=:input,required,array,dims(ndlev|ndlev)
debug-capi:int npla=:input,required,array,dims(ndlev|ndlev)
debug-capi:int i2a=:input,required,array,dims(ndtrn|ndtrn)
debug-capi:int lbseta=:input,required,array,dims(ndmet|ndmet)
debug-capi:int i1a=:input,required,array,dims(ndtrn|ndtrn)
debug-capi:int ila=:input,required,array,dims(ndlev|ndlev)
debug-capi:double scom=:input,required,array,dims(nvmax|nvmax,ndtrn|ndtrn)
debug-capi:double qdorb=:input,required,array,dims((ndqdn*(ndqdn+1))/2|(ndqdn*(ndqdn+1))/2)
debug-capi:string cpla=:input,required,array,string array,dims(ndlev|ndlev,1|1)
debug-capi:int isa=:input,required,array,dims(ndlev|ndlev)
debug-capi:double wa=:input,required,array,dims(ndlev|ndlev)
debug-capi:int ipla=:input,required,array,dims(ndmet|ndmet,ndlev|ndlev)
debug-capi:double xja=:input,required,array,dims(ndlev|ndlev)
debug-capi:Fortran subroutine `xxdata_04(&iunit,&ndlev,&ndtrn,&ndmet,&ndqdn,&nvmax,titled,&iz,&iz0,&iz1,&bwno,&npl,bwnoa,lbseta,prtwta,cprta,&il,qdorb,lqdorb,qdn,&iorb,ia,cstrga,isa,ila,xja,wa,cpla,npla,ipla,zpla,&nv,scef,&itran,&maxlev,tcode,i1a,i2a,aval,scom,beth,&iadftyp,&lprn,&lcpl,&lorb,&lbeth,&letyp,&lptyp,&lrtyp,&lhtyp,&lityp,&lstyp,&lltyp,&itieactn,ltied,slen(titled),flen(cstrga))'
Segmentation fault (core dumped)

我的第一个问题是这个。是否可以从调试输出中准确判断出段错误？我不明白怎么做。

作为第二个问题，如果您查看调试输出的开头，您会看到一些看起来像函数调用的东西，我认为这是 python 从共享对象调用函数。在调试输出结束时，您会看到几乎相同的内容，但被标记为“fortran 子例程”。 fortran 子例程中的变量与 python 函数的顺序不同。共享对象是由 f2py 从原始 fortran 代码自动创建的。有人知道为什么这些变量的顺序不同吗？

提前致谢

Answer 1

不确定我是否应该像这样回答我自己的问题。如果这违反协议，那么我请求堆栈交换权力的宽恕。

所有信息（到目前为止）都包含在调试输出中。在将“scef”变量分配为适当大小/形状/类型的 numpy 数组后，段错误消失了。

我仍然遇到更多错误，但到目前为止，使用--debug-capi 浏览终端输出并仔细调整任何不正确的形状/大小/类型似乎正在修复它们。

如果其他人遇到这些问题，我希望这会有所帮助。