C程序在41秒后给出分段错误答案

【问题标题】：C Program gives segmentation fault after 41 secondsC程序在41秒后给出分段错误
【发布时间】：2015-11-13 13:46:37
【问题描述】：

我正在编写一个程序来将文件解析为另一种格式。输入文件大小为 20Gb，因此我转向 C 对其进行解析，但是当我的输出文件达到 4.3Gb（大约是 41 秒标记）时，程序会出现分段错误。

当拖尾输出文件时，它向我显示它已停止在写入过程中提供输出。

输入文件位于ftp://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/current_release/knowledgebase/idmapping/，文件被压缩为idmapping.dat.gz

该程序预计会解析整个文件，而不仅仅是给出分段错误。

int main()
{
    char line[256];
    char placeholdertoken[256];
    char placeholderline[256];
    char *token1, *token2, *token3;
    char *chdup;
    char *tab, *newline, *semicolom, *empty;
    FILE *fp;
    FILE *fs;
    fp = fopen("idmapping.dat", "r");
    fs = fopen("parsedidmapping.dat", "w");

    if( fp == NULL )
    {
        perror("Error while opening the file.\n");
        exit(EXIT_FAILURE);
    }

    strcpy(tab,"\t");
    strcpy(newline,"\n");
    strcpy(semicolom,";");
    strcpy(empty,"");
    strcpy(placeholdertoken,"");

    while (fgets(line, sizeof(line), fp) != NULL)
    {

    token1 = strtok(line, "\t");
    token2 = strtok(NULL, "\t");
    token3 = strtok(NULL, "\n");

    if (strcmp(token1, placeholdertoken) == 0) {
        strcat(placeholderline, token2);
        strcat(placeholderline, semicolom);
        strcat(placeholderline, token3);
        strcat(placeholderline, tab);
    }
    else {
        strcat(placeholderline, newline);
        strcpy(placeholdertoken,token1);
        fputs(placeholderline, fs);
        strcpy(placeholderline, empty);
        strcat(placeholderline, token1);
        strcat(placeholderline, tab);
        strcat(placeholderline, token2);
        strcat(placeholderline, semicolom);
        strcat(placeholderline, token3);
        strcat(placeholderline, tab);
        }
    }

    fclose(fs);
    fclose(fp);
    return 0;
}

【问题讨论】：

在此处发布您的代码。
为了后代和方便，您应该在此处发布您的源代码，而不是仅仅链接到它。
您的 placeholderline 变量从未初始化，但您正在 strcat()-ing 并在各个地方为其分配字符。我很惊讶这段代码一开始就可以工作。
虽然可能只是巧合，但 43 亿是 uint32_t 的溢出点
@RussSchultz 我确实已将编译器更改为编译为 64 位，现在它一直上升到 4.9Gb，但它仍然给出了分段错误。

标签： c segmentation-fault

【解决方案1】：

您的placeholdertoken[] 未初始化。您的placeholderline 未分配任何内存。

我很惊讶它运行了41 秒。

【讨论】：

我试图在我的代码中初始化 placeholdertoken，但是它一直说我正在尝试将整数转换为字符，即使我使用“测试”之类的东西，我已经编辑了我的代码以允许placeholderline 现在有内存。
@Sinshz，请在旧代码提及其编辑后单独发布新代码。我不知道你做了什么改变。
使用我的更改进行了编辑，现在它给出了一个错误：从类型'char *' placeholdertoken = "0";我知道这与我声明变量的方式有关，但我现在正在学习 C，所以我无法弄清楚我一直在做错什么。
@Sinshz，你想在这个*placeholderline = *empty; 中做什么？
需要清空该行以便输入下一组数据，这是因为它尝试根据第一个ID对文件中的数据进行分组。

【解决方案2】：

您写入placeholderline，这是一个未初始化的指针。这是未定义的行为。

在写信之前，您还阅读了placeholdertoken。

【讨论】：