由于 macOS 10.12.3 和 10.12.5 上缺少 zlib，R 无法安装 devtools 或 git2r答案

【问题标题】：R can't install devtools or git2r due to lack of zlib on macOS 10.12.3 and 10.12.5由于 macOS 10.12.3 和 10.12.5 上缺少 zlib，R 无法安装 devtools 或 git2r
【发布时间】：2017-01-31 10:26:12
【问题描述】：

我正在尝试在 R (3.3.2) 中安装两个软件包：devtools 和 git2r。它们取决于zlib 的存在。这是 macOS Sierra (10.12.3) 附带的，默认为 1.2.8 版本。当我尝试安装这些软件包时，出现以下错误。

我一直在尝试很多东西。

在 RStudio 中通过 CRAN 直接安装：无效。
试图在 macOS 上定位 zlib：找不到 zlib。
通过R CMD INSTALL git2r安装：无效。

我注意到有人在 GitHub 上发布了类似的问题：https://github.com/ropensci/git2r/issues。目前还没有解决办法。

这里有人有想法吗？

谢谢！

砂光机

以下错误消息

“/private/tmp/RtmpP6HZFx/R.INSTALLe73412909267/git2r”中的配置错误

配置错误

没有找到构建git2r所需的zlib库。

请安装：

zlib1g-dev（例如 Debian 和 Ubuntu 上的软件包）

zlib-devel（例如 Fedora、CentOS 和 RHEL 上的软件包）

然后再试一次。

如果你的系统上安装了 zlib 库，但 git2r 配置找不到它，你可以指定 zlib 的 include 和 lib 路径：

"R CMD INSTALL --configure-args='--with-zlib-include=INCLUDE_PATH --with-zlib-lib=LIB_PATH' git2r"

查看“config.log”了解更多详情

错误：包“git2r”配置失败

*删除“/usr/local/lib/R/3.3/site-library/git2r”

更新：在 macOS X 10.12.5 与 R 3.4.0 结合使用时，同样的问题仍然存在 - 我需要 DESeq2。

【问题讨论】：

您需要安装 Xcode 和命令行实用程序才能使头文件显示在 /usr/include 中。
就是这样：这些都安装好了...

标签： r macos zlib devtools

【解决方案1】：

解决方案...嗯。不是真的。我只是卸载了 R 和所有的包，然后我又重新安装了所有的东西。我通过homebrew 安装了R 和RStudio，按照此处的说明：https://rud.is/b/2015/10/22/installing-r-on-os-x-100-homebrew-edition/。

奇怪的是：所有问题都消失了。

更新 #1：此解决方案显然不适用于 R 3.4.0 和 macOS X 10.12.5 的组合。我们需要解决这个问题。

更新 #2：我发现了我认为的问题：xcode 命令行工具的路径错误。

sudo xcode-select --reset 成功了，现在xcode-select -p 指向/Library/Developer/CommandLineTools。而which xcode-select 指向/usr/bin/xcode-select。谷歌搜索我发现不需要通过 App Store 安装 Xcode，因为它在 http://railsapps.github.io/xcode-command-line-tools.html 上声明：

“在早期版本的 macOS 上，安装 Xcode 命令行工具更加困难。它需要从 Mac App Store 大量下载完整的 Xcode 包，或者注册为 Apple 开发人员以获取较小的命令行工具包。 Mac OS X Mavericks 让 Xcode 命令行工具的安装变得更加简单。”。

【讨论】：

【解决方案2】：

我遇到了同样的问题。我有一个注释 8（三星）。只需转到 GitHub 并从那里安装 zlib。

【讨论】：