【发布时间】:2015-12-03 09:11:15
【问题描述】:
我是 python 脚本的新手。我正在从制表符分隔的vcf 文件中提取数据。我的脚本有效,但我尝试使用 word[0:2] 将字符串连接到一个列表中,但这不起作用,所以我通过手动拆分来添加数据:
即:word[0] + "\t" + word[1] + "\t" + word[2]
我不知道为什么我必须这样做,因为当我使用lst = word[0:2] 命令返回“只能将列表(而不是“str”)连接到列表。这是为什么?
我的整个代码是:
lst = []
for line in my_file:
if 'chr' in line:
word = line.split("\t")
adp = word[7].split(";")
pc = word[9].split(":")
s = adp[0].split("=")
lst = word[0] + "\t" + word[1] + "\t" + word[3] + "\t" + word[4] + "\t" + s[1] + "\t" + pc[6] + "\n"
outputfile.write(lst)
我怎样才能使它更简洁?
谢谢
【问题讨论】:
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pypi.python.org/pypi/PyVCF 是一个用于解析变体调用格式文件的 python 模块 --- 我不知道这是否是您想要的,或者您的 DIBY 方法是否更好。