nlme 和 lme4 中的不同随机效应答案

【问题标题】：different random effects in nlme and lme4nlme 和 lme4 中的不同随机效应
【发布时间】：2015-12-16 08:44:59
【问题描述】：

我在nlme中拟合了这个模型：

library(nlme)
data("Machines")
fit1 <- lme(score ~  - 1 + Machine, random=~1|Worker, data=Machines)

我可以得到系数

> fit1$coefficients
$fixed
MachineA MachineB MachineC 
52.35556 60.32222 66.27222 

$random
$random$Worker
  (Intercept)
6 -8.70711058
2 -1.59425968
4 -0.06931564
1  1.21035769
3  6.21174760
5  2.94858062

现在我在lme4 中安装了相同的模型

library(lme4)
fit2 <- lmer(score ~  -1 + Machine + (1|Worker), data=Machines)

我得到完全相同的固定效果：

 >summary(fit2)
 ...
 Fixed effects:
          Estimate Std. Error t value
 MachineA   52.356      2.229   23.48
 MachineB   60.322      2.229   27.06
 MachineC   66.272      2.229   29.73
 ...

我现在想要每个工人的随机效果，它们不会显示在摘要中，但它必须是这样的：

 > fit2@u
 [1] -5.34898187 -0.97939105 -0.04258222  0.74355106  3.81602197    1.81138210

为什么它们与nlme 结果不同，而固定效果相同？

【问题讨论】：

你能提供一个可重现的例子吗？
@Bas 对不起，有一个错字，当然是图书馆（nlme）
我怎么没看到？.. 无论如何，这两个包的摘要似乎产生了相同的结果。在查看了 fit2 的 str 之后，我得出了以下结论：fit2@pp$delb 编辑：误读了您的问题，让我看看能否找到每个工人的正确值
看起来 fit1 和 fit2 的截距不同，intercept + worker + machine 应该会产生预期的结果
@Bas 你这是什么意思？如何从 fit2 模型中获取这些值？

标签： r lme4 nlme

【解决方案1】：

使用ranef() 提取随机效果。

library(lme4)
library(nlme)
data("Machines")

fit1 <- lme(score ~  - 1 + Machine, random=~1|Worker, data=Machines)
ranef(fit1)

fit2 <- lmer(score ~  -1 + Machine + (1|Worker), data=Machines)
ranef(fit2)

【讨论】：