nlme：不正确的因子名称与 NA？答案

【问题标题】：nlme: incorrect factor names with NA?nlme：不正确的因子名称与 NA？
【发布时间】：2014-02-20 01:36:29
【问题描述】：

基本上，我在运行 nlme::lme 时缺少值。该模型与na.action=na.omit 拟合得很好，但是为什么拟合/残差/系数的名称似乎都移动了一行？

## Generate data ---------------------
X1=gl(2,4)
X2=gl(2,2,8)
Y=rnorm(8)
dat=data.frame(Y=Y,X1=X1,X2=X2)
dat

## missing value -------------
mis.dat=dat
mis.dat[3,"Y"]=NA
mis.dat
> mis.dat
            Y X1 X2
1 -0.06845332  1  1
2  0.89169085  1  1
3          NA  1  2
4  1.88997449  1  2
5  0.95912879  2  1
6 -0.64049400  2  1
7 -0.23354948  2  2
8 -0.66869350  2  2


## Fit model -----------------------
model=nlme::lme(Y~1,random=~1|X1/X2,data=mis.dat,na.action=na.omit)
summary(model)

## Notie the names -------------------
fitted(model)
> fitted(model)
       1/1        1/1        2/1        2/1        2/2        2/2       <NA> 
0.67179438 0.67179438 0.67179439 0.02855517 0.02855517 0.02855517 0.02855517 
attr(,"label")
[1] "Fitted values"

#model$coef$random
#resid(model)

如何注意拟合值的名称？不应该在第 3 位有 1/2，之后的名称向右移动一位，从而消除 NA？

【问题讨论】：

标签： r missing-data nlme

【解决方案1】：

您发现了一个小错误。看看nlme:::fitted.lme 看看会发生什么：

使用

从模型中提取拟合值

object[["fitted"]]
      fixed        X1        X2
1 0.6014526 0.1686912 0.1686912
2 0.6014526 0.1686912 0.1686912
4 0.6014526 0.1686912 0.1686912
5 0.6014526 1.0342140 1.0342140
6 0.6014526 1.0342140 1.0342140
7 0.6014526 1.0342140 1.0342140
8 0.6014526 1.0342140 1.0342140

请注意，即使由于缺少 y-value 而从拟合中省略了观察 3 并且不应该存在，也有 8 个拟合值。然后从

创建名称

object[["groups"]]
  X1  X2
1  1 1/1
2  1 1/1
3  1 1/2
4  2 2/1
5  2 2/1
6  2 2/2
7  2 2/2

注意只有 7 个名字。 NA 在使用 match 时被引入。

最终问题出在lme，它应该只返回 7 个拟合值。但是，我没有时间找出如何解决此问题。欢迎随时report it。

【讨论】：