【发布时间】：2020-08-20 20:10:35
【问题描述】：
我正在运行一个很长的 docker 命令
docker exec -t -i 9f5865473027 cloudgene run imputationserver@1.4.1 --files /illumina/runs/con/chrX_impute/ALL.chrX.PAR2.phase3_v5.shapeit2_mvncall_integrated.noSingleton.genotypes.vcf.gz --refpanel apps@1000g-phase-3-v5@2.0.0 --conf /etc/hadoop/conf --population AFR --mode qconly --output /illumina/runs/con/chrX_impute
但这会报错
Error: Input Files (<a href="http://www.1000genomes.org/wiki/Analysis/Variant%20Call%20Format/vcf-variant-call-format-version-41" target="_blank">VCF</a>): file '/illumina/runs/con/chrX_impute/ALL.chrX.PAR2.phase3_v5.shapeit2_mvncall_integrated.noSingleton.genotypes.vcf.gz' not found.
为什么 docker 没有找到带有绝对路径（即使是相对路径）的文件？如何让 docker 找到这个文件？
即使我这样做了
docker exec -it 9f5865473027 ls /illumina/runs/con/chrX_impute/ALL.chrX.PAR2.phase3_v5.shapeit2_mvncall_integrated.noSingleton.genotypes.vcf.gz
我仍然收到ls: cannot access /illumina/runs/con/chrX_impute/ALL.chrX.PAR2.phase3_v5.shapeit2_mvncall_integrated.noSingleton.genotypes.vcf.gz: No such file or directory
当我执行docker exec -it 9f5865473027 ls . 时，它似乎在/ 或绝对顶级目录中，但使用此信息并输入不带/ 的文件名@因此docker exec -it 9f5865473027 ls illumina/runs/con/chrX_impute/ALL.chrX.PAR2.phase3_v5.shapeit2_mvncall_integrated.noSingleton.genotypes.vcf.gz
Docker 还是找不到文件 :(
我可以通过 docker 的 ls 看到更高的目录，但我所在的目录是 docker exec -it 9f5865473027 ls illumina/runs/con/chrX_impute 神秘地显示为空（它不是）
【问题讨论】：
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我认为这个错误与您的应用程序而不是 Docker 更相关。由于容器正在运行，您可以通过运行
docker exec -it <container-id> ls /path/to/file轻松确认该文件是否存在于容器中 -
@oli
docker exec -it 9f5865473027 ls illumina/runs/con/chrX_impute/ALL.chrX.PAR2.phase3_v5.shapeit2_mvncall_integrated.noSingleton.genotypes.vcf.gz仍然给出同样的错误：/ -
好的，这意味着文件不存在于容器中。
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@oli 如何确保文件存在于容器中？
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您是在复制容器内的文件吗？或者您在主机和容器之间是否有任何卷共享？如果不是，那么您必须先将文件放入容器中（通过 dockerfile 指令或使用 docker cp_
标签： docker centos vcf-variant-call-format