相对于下一列转置一列答案

【问题标题】：Transpose a column with respect to next column相对于下一列转置一列
【发布时间】：2020-06-13 19:50:47
【问题描述】：

我有一个像这样的文件（file1.vcf）

chr1 254 . A . 80 . . xxxx xxxxx
chr1 255 . T . 80 . . xxxx xxxxx
chr1 554 . G C 80 . . xxxx xxxxx
chr1 554 . A . 80 . . xxxx xxxxx
chr1 754 . G A 80 . . xxxx xxxxx

根据第四列和第五列的值，我需要像这样创建一个新文件

>file1
ATCAA

重要的是，如果某个值位于第四列，则必须用该值替换。我尝试使用以下 awk 和转置

 awk '{if ($5==".") print $4 
else print $5}'

但我可以找到按预期输出的解决方案

【问题讨论】：

在这样的情况下，我们确实鼓励用户添加他们为解决自己的问题而付出的努力，所以请用您的努力编辑您的问题，然后让我们知道。
算法看起来很简单，基本上是：if（第 5 列的值是一个点）输出（第 4 列）else 输出（第 5 列）。
在 awk 手册页中查找 printf。
试试awk '{if ($5==".") s=s $4; else s=s $5; }END{ print s }'

标签： awk vcf-variant-call-format

【解决方案1】：

$ awk '{printf "%s", ($5=="."?$4:$5)}' file
ATCAA

如果最后需要换行，请添加END{print ""}

【讨论】：