有没有办法将 vcf.gz 文件直接转换为 vcf.bgz 文件？答案

【问题标题】：Is there a way to convert a vcf.gz file directly into a vcf.bgz file?有没有办法将 vcf.gz 文件直接转换为 vcf.bgz 文件？
【发布时间】：2017-10-03 20:01:59
【问题描述】：

我不想先解压缩 vcf.gz 文件，因为它是一个大文件，我的笔记本电脑没有空间存放它。我试着做：

gunzip -c file.vcf.gz > bgzip -c > file.vcf.bgz

但它没有用。想法？

【问题讨论】：

您应该提供更多详细信息，而不仅仅是“它不起作用”：是否有错误消息？有输出吗？也就是说，我同意@Pierre 的回答。在这里，您在gunzip 的输出中使用>，它重定向到一个文件（检查您是否没有创建一个名为bgzip 的文件，这是错误的）。相反，您想要将其重定向到程序bgzip 的“标准输入”，而管道 (|) 是解决此问题的正确工具。

标签： gzip bioinformatics gunzip vcf-variant-call-format

【解决方案1】：

试试

gunzip -c file.vcf.gz | bgzip  > file.vcf.bgz

【讨论】：

赞成这个答案...如何将相同的命令用于多个文件？如果它的重命名，它可以工作。但是如何对多个文件进行gzip 操作并将其文件扩展名更改为.bgz？
@TheGreat 您需要使用循环，例如for f in file*vcf.gz; do gunzip -c $f | bgzip > $(basename -s .gz $f).bgz; done。这将获取每个文件并使用 bgzip 重新压缩它。请注意，basename 将从文件名中删除任何目录，因此最终文件将位于您的当前目录中 - 您可以像这样添加目标：... > some_path/$(basename ...).bgz 将文件放在特定目录中。