修复 bcftools 中的分段错误错误答案

【问题标题】：Fixing segmentation fault error in bcftools修复 bcftools 中的分段错误错误
【发布时间】：2018-12-06 18:18:07
【问题描述】：

我正在尝试使用 bcftools 合并 3000 个细菌 bcf 文件。 vcf 文件已使用 GATK 生成并转换为 bcf 并由 bcftools 索引。 bcftools 继续分析 20% 的数据，但它一直过早终止并仅为部分变体生成合并的 bcf 文件（来自 2M 细菌基因组的高达 500kb）。我使用的代码是这样的：

bcftools1.7/bcftools merge -l VarList.txt -0 --missing-to-ref --threads 1 -O b > CombinedVCF

输出错误是：

/bin/sh: line 1: 17041 Segmentation fault (core dumped) bcftools/bcftools merge -l VarList.txt -0 --missing-to-ref --threads 1 -O b > CombinedVCF

之前我对 400 个样本尝试了相同的命令，没有任何问题。

在线搜索，“当对变量的引用落在该变量所在的段之外，或者尝试写入只读段中的位置时，就会发生段错误”。该命令在为特定作业提供 80Gb 可用 RAM 的集群上运行。我不确定这个错误是由于 bcftools 软件本身的问题还是由于运行该命令的系统的限制？

这里是复制错误的示例 bcf 文件 (https://figshare.com/articles/BCF_file_segfault/7412864)。该错误仅出现在大样本量中，因此我无法进一步减小大小。

【问题讨论】：

标签： segmentation-fault bioinformatics vcf-variant-call-format bcftools

【解决方案1】：

我不确定这个错误是由于 bcftools 软件本身的问题还是由于运行该命令的系统的限制？

当一个程序崩溃时，它总是程序本身的一个错误——如果它遇到系统的限制，它应该告诉你这样（例如@987654321 @) 而不是崩溃。

您的第一步应该是找出崩溃的位置：

gdb -ex run --args bcftools1.7/bcftools merge -l VarList.txt -0 --missing-to-ref --threads 1 -O b

GDB 应该以Program received SIGSEGV 停止。此时，在(gdb) 提示符处输入where、info registers、info locals 和x/20i $pc-40，并使用输出更新您的问题。

此输出可能使某人能够确定您遇到的错误、可能的解决方法等等。

这也是bfctools 的开发人员在您向他们报告问题时需要的信息。

【讨论】：

【解决方案2】：

在将数千个 vcf 文件与 bcftools 合并时，我也遇到了问题。就我而言，问题在于打开文件的数量。您可能需要增加打开文件的限制。试试这些命令：

# check soft limit
ulimit -Sn

#check hard limit
ulimit -Hn

#set soft limit
ulimit -Sn <number>

【讨论】：

【解决方案3】：

这是bcftools中的一个错误，作者在通知后修复了它：

https://github.com/samtools/bcftools/issues/929#issuecomment-443614761

【讨论】：