什么会导致使用 %in% 函数 R 的 ```.``` 输出？ [关闭]答案

【问题标题】：What would cause a ```.``` output using the %in% function, R? [closed]什么会导致使用 %in% 函数 R 的 ```.``` 输出？ [关闭]
【发布时间】：2020-04-07 21:28:25
【问题描述】：

我编写了一些代码来告诉我哪些 RSID 使用 %in% 函数在某些数据库之间匹配。它一直运行良好，直到它返回. 而不是 RSID#。如果我有两个 data.frames

df1 <- data.frame (
rsID = c("rs1", "rs2", "rs4"), stringsAsFactors = FALSE)
df2 <- data.frame(
rsID = c("rs1", "rs4", "rs8"), stringsAsFactors = FALSE)

我使用%in% 函数在data.frame 中为我提供匹配的rsID，我用它来从我感兴趣的数据库中提取更多信息。可能有更好的方法可以做到这一点，但这种方法似乎有效。

matches.df <- data.frame(
rsID = df1$rsID[(df1$rsID %in% df2$rsID)],
stringsAsFactors = FALSE)

到目前为止，代码将返回两个匹配的 rsID，“rs1”和“rs4”，但对于此数据库，它返回 rs1, .。

有没有人见过这个，或者知道为什么它会返回一个.

如果有帮助，我可以附上图片。谢谢。

【问题讨论】：

您没有提供重现问题的示例。因此，人们只能猜测问题所在。我的猜测是结果是正确的，但是您的 ID 不正确。可能在读取数据/从较长的字符串中解析 ID 信息时出错，或者类似的东西。
我不知道你的问题的答案 - 但intersect(df1$rsID , df2$rsID) 会给你两个都存在的 ID。更好地使用merge 来组合来自您的两个数据帧的信息。
@KarolisKoncevičius 感谢您向我指出这一点。数据集非常大，我不知道如何创建可重现的示例，因为我不知道 . 来自哪里，因为到目前为止这一直很好。我的直觉是它与数据集有关，而不是代码。
@GeorgeSavva 是否会合并匹配的 rsID 列？起初我尝试过合并，但无法避免笛卡尔连接，并且 rsID 没有对齐，这导致了额外的过滤步骤。
@Ctat41 您只需获取有问题的数据集，然后检查df1$rsID 和df2$rsID 的外观。看看他们俩有没有rs4，我觉得没有别的办法了。

标签： r dataframe bioinformatics vcf-variant-call-format

【解决方案1】：

该列可能包含“.”，这是一个合法值。在 vcf 中表示 NA。

【讨论】：