在 Knitr 文档中嵌入 ggplot2 图形：无法找到函数 ggplot

Question

我正在处理一个文档并且同时使用knitr 和ggplot2。我是 knitr 和 TeX 本身的新手，因此对我所做的一切都不太熟悉。

当我打开 RStudio 做这项工作时，我首先运行以下两个命令：

require("knitr")
require("ggplot2")

然后我点击编译 PDF。我有以下引发错误的代码：

<<histogram, echo=FALSE, fig.align='center'>>=
summary(los$hosp_svc)
summary(los$Pt_Age)

binsize = diff(range(los$Pt_Age)/30)
ggplot(los, aes(x = Pt_Age)) + 
  geom_histogram(binwidth = binsize, fill = "red", 
                 alpha = 0.315, colour = 'black') +
  theme(panel.grid.major = element_blank(),
        panel.grid.minor = element_blank()) +
  xlab("Patient Age in Years") +
  ylab("Frequency/Count") +
  ggtitle("Histogram of Patient Age")
@

我得到的错误是找不到 ggplot 函数，这很奇怪，因为如果我只是在控制台中运行上面的代码，图表就会生成 find，所以我知道包已加载并且可以使用.

有什么想法吗？

谢谢，

Answer 1

使用 .Rnw 文件（或 .Rmd 文件）时，请务必在脚本中包含任何 library 调用（见下文）。当您按下“编译 PDF”按钮时，脚本中的 R 代码将提交给 R 的新实例，以防止当前环境中的任何内容弄乱结果。这可能看起来有点奇怪，但有利于重现性。因此，当您点击“编译 PDF”时，未通过脚本显式创建的对象和未在脚本中显式调用的包将被遗忘

<<histogram, echo=FALSE, fig.align='center'>>= 
library(ggplot2)
summary(los$hosp_svc) 
summary(los$Pt_Age)

binsize = diff(range(los$Pt_Age)/30) 
ggplot(los, aes(x = Pt_Age)) + 
  geom_histogram(binwidth = binsize, 
                 fill = "red", 
                 alpha = 0.315, 
                 colour = 'black') + 
  theme(panel.grid.major = element_blank(), 
        panel.grid.minor = element_blank()) + 
  xlab("Patient Age in Years") + 
  ylab("Frequency/Count") + 
  ggtitle("Histogram of Patient Age") 
@