如何使用knitr从r脚本函数生成多个文件

Question

我想从一个 r 脚本生成一些报告。我想避免从 rmd 文件编译时需要的重复，如果可能的话，我想从 r 脚本本身生成报告。

该脚本有一个函数，它应该从数据帧列表中生成每个报告，其中每个报告代表一个数据帧的处理。我只是不明白如何分别生成每个报告。目前，报告在一个文件中显示所有数据框

原始脚本很长，所以我在下面提供了一个最小版本。

    structure(list(a = structure(c(1L, 3L, 2L), .Label = c("boo", 
    "saa", "yaew"), class = "factor"), b = structure(c(2L, 3L, 
    1L), .Label = c("mfds", "shu", "ren"), class = "factor"), c = structure(c(2L, 
    1L, 3L), .Label = c("22", "23", "5345"), class = "factor")), .Names = c("a", 
    "b", "c"), row.names = c(NA, -3L), class = "data.frame")

    ReportOp<-function(n) { 
  this_is_a_name <- n; 
  this_is_my_data <- ldf[[n]] 

  #' ---
  #' author: Me
  #' date:
  #' ---

  #+results='asis', echo=FALSE
  knitr::kable(this_is_my_data, digits = 2)
  #'
} 

目前，我只是使用 R 工作室中的compile notebook 按钮生成包含所有内容的报告。

我尝试在上述脚本上使用knitr::spin，如下从一个单独的文件：

library(knitr)
o=spin('/Users/sebastianzeki/Desktop/UntitledTBB.R')
knit2html(o,output="/Users/sebastianzeki/Desktop/out.html")

但我只得到一份报告而不是三份。

Answer 1

您将创建一个rmarkdown parameterized report。在 YAML 中定义参数。您可以通过将参数传递给列表中的rmarkdown::render() 来呈现报告。

您可以通过 r、循环、apply 系列（在本例中为 mapply）、dplyr::do 或 purrr:map() 函数中的各种方式对多组参数运行此操作。在这个例子中，我使用purrr::pmap()。

Report.Rmd

---
title: "`r sprintf('mtcars %s vs. %s', params$variable1, params$variable2)`"
output: html_document
params:
  variable1: "mpg"
  variable2: "cyl"
---
```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE)
library(ggplot2)
```
#Plot
Crazy report text!

```{r cars}
ggplot(mtcars, aes_(x = as.name(params$variable1), y = as.name(params$variable2))) +
  geom_point()
```

渲染函数

render_report <- function(var1, var2) {

  template <- "path_to/Report.Rmd"

  out_file <- sprintf("report %s vs. %s", var2, var1)

  parameters <- list(variable1 = var1,
                     variable2 = var2)

    rmarkdown::render(template,
                      output_file = out_file,
                      params = parameters)
  invisible(TRUE)
}

运行多个参数。

library(purrr)

params_list <- list(list("mpg","mpg","mpg"),
                    list("drat","wt","qsec"))

pmap(params_list, render_report)

输出

三个html文件，每个文件都以参数命名，每个文件都有根据参数的散点图。

1. drat vs mpg

2. qsec 与 mpg

3. wt vs mpg