使用 {knitr} spin 函数忽略块选项

Question

我在将 spin-annotated R 脚本编译为 HTML/PDF 时遇到问题。

这是一个 MWE：

#' ---
#' output:
#'     html_document:
#'         toc: true
#'         toc_float: true
#'     pdf_document:
#'         toc: true
#' jupyter:
#'   jupytext:
#'     text_representation:
#'       extension: .R
#'       format_name: spin
#'       format_version: '1.0'
#'       jupytext_version: 0.8.4
#'   kernelspec:
#'     display_name: R
#'     language: R
#'     name: ir
#'   language_info:
#'     codemirror_mode: r
#'     file_extension: .r
#'     mimetype: text/x-r-source
#'     name: R
#'     pygments_lexer: r
#'     version: 3.6.0
#' ---
#+ setup, include=F, echo=F
knitr::opts_chunk$set(collapse=T)

#+ error=T
.3 <- 5

#' some text

#+ error=T
for <- 5

脚本是从运行 R 内核的 jupyter notebook 创建的。转换是使用jupytext 完成的。

构建失败并出现以下错误：

Error in parse(text = x, keep.source = TRUE) : 
  <text>:122:5: unexpected assignment
121: #+ error=T
122: for <-
         ^
Calls: <Anonymous> -> <Anonymous> -> getParseData -> parse
Execution halted

这是来自 R 研讨会的摘录，代表错误的变量命名，因此错误是意料之中的。因此，error=T 块选项。

最让我困惑的是 (i) 这个脚本之前编译没有问题（最后一次成功构建是在 2018 年 12 月 5 日；直到现在还没有尝试过重建），并且 (ii) .3 <- 5 就像错了，但 R 只抱怨第二行。

我正在使用以下方法将文档编译为 HTML：

 Rscript -e 'rmarkdown::render("filename.R", output_format = "html_document")'

在 R v3.6 和4.14.113-1-MANJARO Linux 上运行，knitr 是 v1.22，rmarkdown 是 v1.12（根据 sessionInfo）。

Answer 1

区别在于.3 <- .5在语法上是正确的，但for <- 5不是。

其中的第一个会产生运行时错误。通常，赋值的左侧可以是表达式，这就是解析 x[1] <- 3 之类的内容的方式。只是在评估时并非所有表达式都被允许。

for <- 5 行不可解析（因为for 是保留字），因此错误会在解析时发生。如您所见，语法错误通常以“意外...”之类的消息表示：

Error in parse(text = x, keep.source = TRUE) : 
  <text>:122:5: unexpected assignment
121: #+ error=T
122: for <-
         ^

如果您注意到行号，这是正在解析的文本的第 122 行。也许在knitr 的早期版本中，解析是逐块完成的，但现在在评估任何部分之前解析整个文件：并且该行不会解析。

如果你把整个东西写成一个 Rmd 文件，你会得到以前的行为，因为在那些块中被一次解析一个：

---
output:
    html_document:
        toc: true
        toc_float: true
---
```{r setup, include=F, echo=F}
knitr::opts_chunk$set(collapse=T)
```

```{r error=T}
.3 <- 5
```

some text

```{r error=T}
for <- 5
```