使用 purl 从 Rnw 文件中获取 .Rmd 文件答案

【问题标题】：Using purl to source a .Rmd file from within a Rnw file使用 purl 从 Rnw 文件中获取 .Rmd 文件
【发布时间】：2019-11-04 13:55:53
【问题描述】：

我在 .Rmd 文件中做了一些分析。我现在想在我正在编写为 .Rnw 文件的报告中使用在此文件中创建的一些对象。由于从 Sweave 切换到 knittr 作为编织引擎，会发生以下情况：

如果我在控制台中运行 purl(input = 'myfile.Rmd', output = 'myfile.R') 行，我会得到一个 .R 文件，其中仅包含 .Rmd 文件中的 R 块。这就是我想要的。但是，如果我将此行放入 .Rnw 文件并编织它（即 .Rnw 文件），我最终会得到一个 myfile.R 并且没有错误，但它完全是空的（由于某种原因有一个换行符除外)。

我也尝试过将knitr::opts_chunk$set(purl = TRUE)和knit_hooks$set(purl = hook_purl)放在.Rmd文件中，然后在我的.Rnw文件中使用knit()而不是purl()，但结果是一样的。

以下是一个小例子：

test.Rnw

\documentclass{article}

\begin{document}

<<test>>=
  library(knitr)
  purl(input = 'test.Rmd', output = 'test.R')
@

\end{document}

test.Rmd

```{r}
answer <- 42
```

预期输出：

## ------------------------------------------------------------------------
answer <- 42

实际输出：

有人有这方面的经验吗？这是一个错误还是我错过了什么？感谢您的帮助！

【问题讨论】：

标签： r r-markdown knitr

【解决方案1】：

根据?purl：

knitr 将尝试根据输入文档的文件扩展名来决定模式列表，例如Rnw文件使用apat$rnw列表，tex使用apat$tex列表，brew使用apat$brew，HTML文件使用apat$html

但显然，这并不是故事的全部。请注意purl essentially is just a wrapper to knit。我的猜想是，在编织 RNW 文档时，有一些全局选项集使 knit 只查找类似 RNW 的模式，即使您是 purl 从 RNW 文档中输入 RMD 文件。

要解决此问题，请通过在 purl() 之前调用 pat_md() 来显式设置 Markdown 模式。之后，恢复之前的模式，以免干扰 RNW 文档的其余部分。

\documentclass{article}

\begin{document}

<<test>>=
  library(knitr)
  opat <- knit_patterns$get()
  pat_md()
  purl(input = 'test.Rmd', output = 'test.R')
  knit_patterns$set(opat)
@

\end{document}

【讨论】：

我认为这可能符合bug。
这很有魅力，谢谢！我会将其添加为问题并将其标记为潜在错误。

【解决方案2】：

@Cl. 的猜想是正确的。函数knitr::knit() 引入了很多副作用，包括设置解析模式。在这种情况下，我强烈建议您在单独的 R 会话中运行 purl()。一种方法是改变

purl(input = 'test.Rmd', output = 'test.R')

到

xfun::Rscript_call(purl, list(input = 'test.Rmd', output = 'test.R'))

这确保purl() 在一个（几乎）独立于当前 R 会话的新 R 会话中被调用，因此当前 R 会话中设置的解析模式不会影响新 R 会话的 knitr::knit() 调用.

【讨论】：