在 RMarkdown 中循环打印 ggplot2 和 lm 对象

Question

这是this one 的后续问题。

在上述问题中，我可以很好地实现标题创建和循环打印 ggplot2 对象。

现在我有一个新问题：我还需要在循环中打印模型的摘要。问题是如果我有asis 选项，它就不起作用。

有什么想法吗？

[重复：]

---
title: "Untitled"
output:
  html_document:
    theme: united
    highlight: tango
    toc: true
    toc_float:
      collapsed: false
      smooth_scroll: false
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE, message = FALSE, warning = FALSE)
```

```{r}
library(dplyr)
library(ggplot2)

df <- datasets::iris %>% 
  dplyr::as_tibble()
```

```{r species_loop, results='asis'}
for(i in c("setosa", "versicolor", "virginica")) {

  cat(paste0("\n\n## ", i, "\n"))

  df_filtered <- df %>% 
    dplyr::filter(Species == i)

  p <-  df_filtered %>% 
    ggplot2::ggplot(ggplot2::aes(Sepal.Length, Petal.Length)) + 
    ggplot2::geom_point()
  print(p)

  my_model <- lm(Sepal.Length ~ Petal.Length, data = df_filtered)

  summary(my_model) %>% 
    print()
}
```

## I need the printing output of the model to look like this:

```{r}
df_filtered <- df %>% 
    dplyr::filter(Species == "setosa")

my_model <- lm(Sepal.Length ~ Petal.Length, data = df_filtered)

  summary(my_model) %>% 
    print()
```

Answer 1

看起来这是一个模板文档和knitr::knit_expand() 的案例。一个规范的答案是here。使用字符串也将我发送到 this answer，因为我不完全确定 "{{" 表示法在这种方法中是如何工作的。

此方法涉及在同一目录中制作模板 R markdown 文档。根据您是要包含代码块还是需要块名称，这可能类似于：

## {{species}}

```{r species_loop-{{species}}, echo = FALSE}
df_filtered <- df %>% 
     dplyr::filter(Species == "{{species}}")

df_filtered %>% 
     ggplot2::ggplot(ggplot2::aes(Sepal.Length, Petal.Length)) + 
     ggplot2::geom_point()

my_model <- lm(Sepal.Length ~ Petal.Length, data = df_filtered)
summary(my_model)
```

那么您的主文档代码可能如下所示：

```{r}
library(dplyr)
library(ggplot2)

df <- datasets::iris %>% 
  dplyr::as_tibble()
```

```{r, include = FALSE}
src <- lapply(c("setosa", "versicolor", "virginica"),
             function(species) {
                  knitr::knit_expand(file = "template.Rmd")
             }
)
```

`r knitr::knit(text = unlist(src))`

Answer 2

当我用 tidymodel 替换 summary() 行时，您可以通过管道输入 kable：

 print(broom::tidy(my_model) %>% knitr::kable())

您必须调整 tidy() 调用的设置以包含更多输出，但它对我有用：

完整代码：

for(i in c("setosa", "versicolor", "virginica")) {

  cat(paste0("\n\n## ", i, "\n"))

  df_filtered <- df %>% 
    dplyr::filter(Species == i)

  p <-  df_filtered %>% 
    ggplot2::ggplot(ggplot2::aes(Sepal.Length, Petal.Length)) + 
    ggplot2::geom_point()
  print(p)

  my_model <- lm(Sepal.Length ~ Petal.Length, data = df_filtered)

 print(broom::tidy(my_model) %>% knitr::kable())


}