从序列中提取基因

【问题标题】：extracting geneids from a sequence从序列中提取基因
【发布时间】：2013-06-18 22:12:34
【问题描述】：

我在 R 中有一个对象，它保存了一系列基因和序列。

$`140545`

[1] 

"GAAACATCCGAGGCTGGAGTGAGCCACGCGGAGGAGGAAGAACAGCCCGAGCTCACAGGGGCGGGGAAGAGTTCTAGCTCGCGACAGCCC"

$`57187`

[1] 

"CGGGCAGAGACGCTCCTCACTTTCCAGACTGGGCAGCCAGGCAGAGGGGCTCCTCACATCCCAGACGATGGGCGGCCAGGCAGAGAGGCTC"

我只想将 id 存储在一个对象中。例如，我将如何在 R

中实现它

[1] 140545

[2] 57187

我对 R 非常陌生

【问题讨论】：

标签： string r dna-sequence

【解决方案1】：

ids <- names(your_list_object)

但是，请注意，id 将保存为字符。所以，如果你想要它们的数字，你可能不得不使用ids <- as.numeric(names(your_list_object))。

此外，R 通常提供许多简单的方法来从对象中提取“名称”属性。例如查看 ?names、?rownames、?colnames、?dimnames 等。

【讨论】：