如何在 R 中省略 ggplot (geom_line) 图的特定部分？

Question

我目前正在尝试绘制一个实验的结果，在该实验中我比较了对照和实验治疗之间的死亡率。最好的表示是使用 geom_line 连接每个处理的平均值（时间延迟）。但是，我还想包括对照值，以便能够显示实验治疗中的死亡率何时恢复到对照中看到的相似值。我不希望 geom_line() 从控件 (w=0) 到第一个处理 (w=1) 画一条线。信息量不大。

我尝试在 geom_line() 函数中使用子集。它可以工作，但是与我不包含子集语句时相比，图形输出完全不同。

这里有一些代码应该会有所帮助。第一个脚本是向您展示正常的情节

dat <- data.frame(w = c(rep(0, 4), rep(1, 4), rep(2, 4), rep(3, 4), rep(4, 4)), TempTr = c("24.C", "28.C", "24.NC", "28.NC"), Species = "S", Wasp = "A", mort = rnorm(20, 7, 1), se=rnorm(20, 0.5, 0.1))

pd = position_dodge(0.2)

dat %>%
  ggplot(aes(y=mort, x=w, colour=TempTr, group=TempTr)) + geom_errorbar(aes(ymin=mort-se, ymax=mort+se), colour="black", width=0, position = pd) + geom_point(aes(fill=TempTr), colour = "black", size=2, alpha=0.8, shape=21, position = pd) + geom_line(aes(linetype=TempTr), position=pd, size=1.25, alpha=0.8)

现在我尝试删除 w=0 和 w=1 之间的部分。换句话说，只显示从 w=1:4 开始的行

dat %>%
  ggplot(aes(y=mort, x=w, colour=TempTr, group=TempTr)) + geom_errorbar(aes(ymin=mort-se, ymax=mort+se), colour="black", width=0, position = pd) + geom_point(aes(fill=TempTr), colour = "black", size=2, alpha=0.8, shape=21, position = pd) + geom_line(aes(linetype=TempTr), position=pd, size=1.25, alpha=0.8, data=subset(dat, w %in% c("1", "2", "3", "4")))

这可行，但不适用于我的真实数据。当我用我的真实数据（有几个物种，因此有几个方面）执行此操作时，线条不再正确连接点。省略了 0 和 1 之间的线，但情节的其余部分是错误的。知道这是为什么吗？是我放置函数的顺序吗？ Normal plot from original data

Bad plot from original data after removing the desired section

这是来自原始数据的图像。

Answer 1

简而言之，您需要按Species 和TempTr 之间的交互进行分组。

为了重现问题，我们制作了第二个数据集，其中Species 是R。然后按行绑定，以便我们以后可以按物种facet。

library(ggplot2)
library(dplyr)

dat <-
  data.frame(
    w = c(rep(0, 4), rep(1, 4), rep(2, 4), rep(3, 4), rep(4, 4)),
    TempTr = c("24.C", "28.C", "24.NC", "28.NC"),
    Species = "S",
    Wasp = "A",
    mort = rnorm(20, 7, 1),
    se = rnorm(20, 0.5, 0.1)
  )

dat2 <- dat %>% dplyr::mutate(Species="R")

dat3 <- dplyr::bind_rows(dat, dat2)

然后绘制。注意geom_line中对interaction的调用：

dat3 %>% ggplot(aes(
  y = mort,
  x = w,
  colour = TempTr,
  group = TempTr
)) + geom_errorbar(
  aes(ymin = mort - se, ymax = mort + se),
  colour = "black",
  width = 0,
  position = pd
) + geom_point(
  aes(fill = TempTr),
  colour = "black",
  size = 2,
  alpha = 0.8,
  shape = 21,
  position = pd
) + geom_line(
  aes(linetype = TempTr, 
# make sure the lines respect TempTr _and_ Species
  group=interaction(TempTr, Species)),
  position = pd,
  size = 1.25,
  alpha = 0.8,
  data = subset(dat3, w %in% c("1", "2", "3", "4"))
)+
  facet_wrap("Species")

应该这样做：

编辑：由两个变量分面。 interaction in geom_line 不需要

library(ggplot2)
library(dplyr)
# species S, wasp A
datSA <-
  data.frame(
    w = c(rep(0, 4), rep(1, 4), rep(2, 4), rep(3, 4), rep(4, 4)),
    TempTr = c("24.C", "28.C", "24.NC", "28.NC"),
    Species = "S",
    Wasp = "A",
    mort = rnorm(20, 7, 1),
    se = rnorm(20, 0.5, 0.1)
  )

# make other species:wasp combinations
datRA <- datSA %>% dplyr::mutate(Species="R")
datSB <- datSA %>% dplyr::mutate(Species="S", Wasp="B")
datRB <- datSA %>% dplyr::mutate(Species="R", Wasp="B")

# bind and make a variable for faceting
dat3 <- dplyr::bind_rows(datSA, datSB, datRA, datRB, .id="table") %>% 
  mutate(species_by_wasp=case_when(table == 1 ~ "SA",
                                   table == 2 ~ "SB",
                                   table == 3 ~ "RA",
                                   table == 4 ~ "RB"))

pd = position_dodge(0.2)

dat3 %>% ggplot(aes(
  y = mort,
  x = w,
  colour = TempTr,
  group = TempTr
)) + geom_errorbar(
  aes(ymin = mort - se, ymax = mort + se),
  colour = "black",
  width = 0,
  position = pd
) + geom_point(
  aes(fill = TempTr),
  colour = "black",
  size = 2,
  alpha = 0.8,
  shape = 21,
  position = pd
) + geom_line(
  aes(linetype = TempTr, group=TempTr),
  position = pd,
  size = 1.25,
  alpha = 0.8,
  data = subset(dat3, w %in% c("1", "2", "3", "4"))
)+
  # facet_grid(Species ~ Wasp)
  facet_wrap("species_by_wasp")

应该这样做：