将分类群手动添加到 R 中的系统发育树

Question

我在 R 中有一个系统发育树，目前变量是分类名称。我想从 data.frame 分配 taxa_names（树基于所述 data.frame）。

 matrix <- data.frame(row.names = c('aa','bb','cc'),aa=c(0,1,1),bb=c(1,1,0),cc=c(0,1,1))
> matrix
   aa bb cc
aa  0  1  0
bb  1  1  1
cc  1  0  1

d.matrix <- dist(matrix)
h.matrix <- hclust(d.matrix) %>% ape::as.phylo(.)

分类群名称是aa,bb,cc。但我想将taxa_names 设置为t 和a。这些字母来自data.frame dd。

dd <- data.frame(row.names = c('aa','bb','cc'),values = c('t','a','a'))
> dd
   values
aa      t
bb      a
cc      a

dd 实际上有更多的列，但我在这里缩短了。

如何在 R 中手动设置树的分类名称？所需的分类名称在 data.frame 中指定

编辑：我尝试了taxa_names <- c() 和AssignTaxonomy()（来自dada2 包）但没有成功

Answer 1

首先，我发现将数据读取为character 而不是factor（data.frames 的默认值）是一种很好的做法。这可以通过使用stringsAsFactors 参数来完成：

dd <- data.frame(row.names = c('aa','bb','cc'),values = c('t','a','a'), stringsAsFactors = FALSE)

然后您可以直接将名称分配给phylo 对象的特定条目（您可以根据需要重新排序）：

h.matrix$tip.label = dd$values

了解更多phylo类检查https://www.rdocumentation.org/packages/ape/versions/2.6-3/topics/read.tree