【问题标题】:Access/extract R help from non-R script (e.g. Python)从非 R 脚本(例如 Python)访问/提取 R 帮助
【发布时间】:2012-04-10 12:12:35
【问题描述】:

我在 stackoverflow 上找到了许多从 R 中提取帮助文件的 html 代码的函数,但我想从外部脚本 (Python) 访问帮助文件。如何从 R 外部获取帮助文件的实际 html 代码?

以下是可能的解决方案:

  1. 使用从 Python 或其他语言(例如此语言)对 R 的控制台调用 R --slave -e '库(MASS);帮助(调查)' > 调查.txt 这种方法的问题是我经常不知道特定函数在哪个包中。所以这种方法实际上并不奏效。还是有解决办法?

  2. 从 R 中提取所有帮助文件并将它们保存在数据库中,该数据库可以从外部脚本访问。应该不难,但也有点烦人,因为这个帮助数据库必须通过重新运行脚本来更新。

  3. 直接访问 R 的帮助数据库,但我不知道结构等!?

有什么想法和可能的解决方案吗?

编辑:我也考虑过helpr 包,但由于这个错误,我无法使用 R 2.15 进行尝试 https://github.com/hadley/helpr/issues/27

【问题讨论】:

    标签: python r


    【解决方案1】:

    如果您能够从其源代码编译 R,那么直接访问帮助文件(您的选项 3)似乎是最干净和最简单的方法。

    R 二进制发行版附带的各种 html 帮助文件存储在:

    R_HOME/doc/html/                 # CHANGES, NEWS, other miscellany
    R_HOME/doc/manual/               # An Intro to R, R Language Definition, etc.
    R_HOME/library/<pkg-name>/html/  # help files for packages
    

    不幸的是,出于您的目的,(如section 2.2 of R-admin 中所述),“默认情况下,HTML 帮助页面是在需要时创建的,而不是在安装时构建的”。至少对于 Windows(而且似乎对于 Mac),CRAN 提供的标准 R 二进制文件是使用这些默认设置构建的。

    如果您愿意/能够从其源代码编译 R,您可以设置一个可选标志/指令,告诉 R 创建那些静态 HTML 帮助页面。在 UNIX(我猜是 Mac OS X)操作系统上,通过设置配置选项 --enable-prebuilt-html 来完成此操作。在 Windows 上,在运行 make all recommended 之前,在“MkRules.dist”或“MkRules.local”中设置 BUILD_HTML = YES

    【讨论】:

    • 但问题是它们不包含实际的 html 文件...例如,格式应该在这里但不是/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/base/html/format.html。据我了解 R 帮助系统(我的理解非常有限),帮助文件是从某个数据库生成的。
    • 好的,是的。我上面说错了。您需要安装已为其创建静态帮助文件的 R,并且它们不在默认的 Windows 二进制文件中。如果您自己编译源代码,您可以更改默认值,使用标志 --enable-prebuilt-html(在 UNIX 系统上),或通过在 Windows 上的 MkRules.dist 中设置 BUILD_HTML = YES。有关更多信息,请参阅 R-admin 手册,包括在 Mac 上执行的操作。 (另外,我会尽快对上面的帖子进行更完整的编辑。)
    • 好的,太好了。谢谢。我想一旦安装了 R,就没有办法做到这一点。编译解决方案将适用于我自己,但我可能会分发脚本,并且对于很多用户来说障碍可能很大。
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