Python子进程 - 编写多个标准输入

Question

我需要打开一个 R 脚本并为其提供由单独的 python 脚本制定的输入。 subprocess 模块似乎是做到这一点的好方法。

虽然我遇到了一些令人费解的结果，即我显然可以通过p.stdin 写一次且只能写一次。这是我到目前为止所拥有的：

from subprocess import Popen, PIPE, STDOUT

p = Popen(['r --no-save'],stdin=PIPE,stdout=PIPE,stderr=PIPE,shell=True)
p.stdin.write("source('myrscript.R')\n")
p.stdin.write('myfirstinput')

当我运行此代码时会发生什么，stdin.write() 的第一个实例按预期执行（并打开我的 R 脚本），但第二行什么也不做，并且子进程（实际上是 R 脚本）以错误，指示子处理在预期输入的地方没有收到输入，因此终止。

注意- 在一个完美的世界中，我会直接通过 R 进行交互，但是这个特定的脚本需要复杂的输入，而不能出于实际目的直接输入。此外，rpy / rpy2 不是一个选项，因为此脚本的最终用户不一定有权访问该模块或其依赖项。 rscript 也不是一个选项（出于多种原因，但主要是因为最终用户 R 配置的可变性）。

最后，p.communicate 不是一个选项，因为显然这会在写入后关闭进程，我需要让它保持打开状态。

提前致谢

Answer 1

您需要拨打.communicate():

from subprocess import Popen, PIPE, STDOUT

p = Popen(
    ['r', '--nosave'],
    stdin=PIPE,
    stdout=PIPE,
    stderr=PIPE)
p.stdin.write("source('myrscript.R')\n")
p.stdin.write('myfirstinput\n')
p.stdin.write('q\n')

stdout, stderr = p.communicate()

print '---STDOUT---'
print stdout
print '---STDERR---'
print stderr
print '---'

讨论

• 我不使用shell=True，它似乎与我的 fake R 脚本一起工作，因为我的系统中没有安装 R。您可能需要也可能不需要。
• 我更喜欢将命令行分解成一个字符串列表，如图所示，但是像r --nosave 这样的单个字符串也可以；只是不要同时做这两件事。
• 不要忘记stdin.write() 不会写入换行符\n，您必须自己提供。

更新

我的第一次尝试不成功，我希望第二次尝试更接近。正如 J.F. Sebastian 建议的那样，您可能想使用pexpect：

import pexpect
import sys

if __name__ == '__main__':
    prompt = '> ' # Don't know what the R prompt looks like
    lines = ['one', 'two', 'three']

    r = pexpect.spawn('r --no-save', logfile=sys.stdout)
    for line in lines:
        r.expect(prompt)
        r.sendline(line)

    # If you want to interact with your script, use these two lines
    # Otherwise, comment them out
    r.logfile = None # Turn off logging to sys.stdout
    r.interact()

讨论

• 您可能需要安装pexpect。我用pip install pexpect做到了
• 如果您不想与系统交互，请注释掉最后两行，但请确保发送一些信号让 R 脚本退出。
• spawn() 返回一个 spawn 对象，请参阅文档 here。