如何创建 Docker 映像以同时运行 Python 和 R？答案

【问题标题】：How can I create a Docker image to run both Python and R?如何创建 Docker 映像以同时运行 Python 和 R？
【发布时间】：2019-01-30 09:16:05
【问题描述】：

我想将主要在 Python 中开发但依赖于在 R 中训练的模型的代码管道容器化。对于两个代码库所需的要求和包还有一些额外的依赖关系。如何创建一个 Docker 映像，让我可以构建一个容器来同时运行此 Python 和 R 代码？

对于上下文，我有一个运行模型（随机森林）的 R 代码，但它需要是用 Python 构建的数据管道的一部分。 Python 管道首先执行一些功能并为模型生成输入，然后使用该输入执行 R 代码，然后将输出带到 Python 管道的下一个阶段。

所以我通过编写一个简单的测试 Python 函数来调用 R 代码（导入子流程包的“test_call_r.py”）为此过程创建了一个模板，并且需要将其放入具有必要要求的 Docker 容器中以及适用于 Python 和 R 的软件包。

我已经能够为 Python 管道本身构建 Docker 容器，但无法成功安装 R 和相关软件包以及 Python 要求。我想重写 Dockerfile 来创建一个图像来做到这一点。

从 Dockerhub 文档中，我可以使用例如

为 Python 管道创建一个映像

FROM python:3
WORKDIR /app
COPY requirements.txt /app/
RUN pip install --no-cache-dir -r requirements.txt
COPY . /app
CMD [ "python", "./test_call_r.py" ]

与 Dockerhub 类似，我可以使用基本 R 映像（或 Rocker）来创建可以运行 randomForest 模型的 Docker 容器，例如，

FROM r-base
WORKDIR /app    
COPY myscripts /app/
RUN Rscript -e "install.packages('randomForest')"
CMD ["Rscript", "myscript.R"]

但我需要创建一个可以安装 Python 和 R 的要求和包的映像，并执行代码库以从 Python 中的子进程运行 R。我怎样才能做到这一点？

【问题讨论】：

标签： python r docker dockerfile devops

【解决方案1】：

我为 Python 和 R 构建的 Dockerfile 以这种方式与它们的依赖项一起运行是：

FROM ubuntu:latest

ENV DEBIAN_FRONTEND=noninteractive

RUN apt-get update && apt-get install -y --no-install-recommends build-essential r-base r-cran-randomforest python3.6 python3-pip python3-setuptools python3-dev

WORKDIR /app

COPY requirements.txt /app/requirements.txt

RUN pip3 install -r requirements.txt

RUN Rscript -e "install.packages('data.table')"

COPY . /app

构建镜像、运行容器（这里命名为SnakeR）和执行代码的命令是：

docker build -t my_image .
docker run -it --name SnakeR my_image
docker exec SnakeR /bin/sh -c "python3 test_call_r.py"

我把它当成一个 Ubuntu 操作系统，构建镜像如下：

在 R 安装期间抑制选择位置的提示；
更新apt-get；
设置以下安装标准：
- y = 用户提示继续（例如内存分配）；
- 只安装推荐的，不推荐的依赖；
包括一些Ubuntu必备的安装包；
R 软件的 r-base；
r-cran-randomforest 强制软件包可用（与单独安装的 data.table 不同，由于某种原因不适用于 randomForest）；
python3.6版python；
python3-pip 允许使用 pip 安装需求；
python3-setuptools 以某种方式帮助执行 pip 安装 (?!);
python3-dev 执行 JayDeBeApi 安装作为要求的一部分（否则它会混淆 Python2 而不是 3）；
将活动“工作目录”指定为 /app 位置；
复制包含 python 依赖项的需求文件（从 Python 代码库的虚拟环境构建，例如，使用 pip freeze）；
从需求文件安装 Python 包（pip3 for Python3）；
安装 R 包（例如这里只是 data.table）；
将目录内容复制到指定的工作目录/app。

这是从我在https://datascienceunicorn.tumblr.com/post/182297983466/building-a-docker-to-run-python-r的博客文章中复制的

【讨论】：

干得好，Jaydog！如何在您的示例中指定我想要的 R 版本？
谢谢卡罗，好问题！我不确定，因为 r-base 似乎是可用的最新版本。这个问题可能会有所帮助：stackoverflow.com/questions/54239485/…

【解决方案2】：

同时针对 Python 和 R 版本进行具体说明将为您省去未来的麻烦。例如，这种方法将始终安装 R v4.0 和 Python v3.8

FROM r-base:4.0.3
ENV DEBIAN_FRONTEND=noninteractive
RUN apt-get update && apt-get install -y --no-install-recommends build-essential libpq-dev python3.8 python3-pip python3-setuptools python3-dev
RUN pip3 install --upgrade pip

ENV PYTHONPATH "${PYTHONPATH}:/app"
WORKDIR /app

ADD requirements.txt .
ADD requirements.r .

# installing python libraries
RUN pip3 install -r requirements.txt

# installing r libraries
RUN Rscript requirements.r

你的 requirements.r 文件应该是这样的

install.packages('data.table')
install.packages('jsonlite')
...

【讨论】：

【解决方案3】：

我为我的个人项目制作了一张图片，如果你愿意，可以使用它：https://github.com/dipayan90/docker-python-r

【讨论】：