R中未使用的参数和无效的下标类型列表错误答案

【问题标题】：unused arguments and invalid subscript type list error in RR中未使用的参数和无效的下标类型列表错误
【发布时间】：2012-11-07 05:25:36
【问题描述】：

我正在为一项任务而苦苦挣扎，我希望得到您的意见。 注意：这是一个家庭作业，但是当我尝试添加标签时，它说不要添加它.. 我不想要生成的代码，只是关于如何让它工作的建议:)

所以，我有一个 t.test 函数：

    my.t.test <- function(x,s1,s2){
        x1 <- x[s1]
        x2 <- x[s2]
        x1 <- as.numeric(x1)
        x2 <- as.numeric(x2)
        t.out <- t.test(x1,x2,alternative="two.sided",var.equal=T)
out <- as.numeric(t.out$p.value)
        return(out)
    }

一个名为 data 的矩阵 30cols x 12k 行和一个注释文件，其中包含名为 dataAnn 的列上的列名称和数据

dataAnn 第一列包含与data 中的样本（或列）相对应的 M（男性）或 F（女性）列表（与 dataAnn 中的顺序相同），我必须运行一个 t.test 比较两个样本并得到 p 值

当我打电话时

raw.pValue <- apply(data,1,my.t.test,s1=dataAnn[,1]=="M",s2=dataAnn[,1]=="F")

我得到了错误

Error in t.test(x1, x2, alternative = "two.sided", var.equal = T) : 
  unused argument(s) (alternative = "two.sided", var.equal = T)

我什至尝试过使用

raw.pValue <- apply(data,1,my.t.test,s1=unlist(data[,1:18]),s2=unlist(data[,19:30]))

划分我想比较的列，但在这种情况下我得到了错误

Error in x[s1] : invalid subscript type 'list'

我一直在网上查找，我知道第二个错误是由索引作为列表引起的......但这并没有真正为我澄清...... 任何意见将不胜感激！

【问题讨论】：

您已经覆盖了t.test 函数。尝试将其称为 my.t.test 之类的名称，或者当您想调用原始名称时，请使用 stats::t.test
@James 完全正确。
@James 和 @David 实际上我只是编辑了代码以将 t.test 更改为 my.t.test 避免递归，但我得到关于 unused arguments 的相同错误
@Seb：那是因为你的环境中仍然有被覆盖的t.test。执行rm(t.test)（这将删除您定义的t.test，但保留内置的）然后再次运行。
是的，这是一种常见的危险。 @James 应该将他的评论作为答案发布，以便您接受！

标签： r statistics

【解决方案1】：

您已经覆盖了t.test 函数。尝试将其称为my.t.test 之类的名称，或者当您想调用原始名称时，请使用stats::t.test（这会从stats 命名空间中调用它）。请记住，当您覆盖了一个函数时，您需要在工作区中 rm 它，然后才能在不指定命名空间的情况下使用原始函数。

【讨论】：