R 和 Python 中的 G 测试（比例的两个样本测试）答案

【问题标题】：G-test in R and Python (Two Sample Test of Proportions)R 和 Python 中的 G 测试（比例的两个样本测试）
【发布时间】：2018-11-05 19:37:21
【问题描述】：

我在 R 和 Python 中进行 G 测试，我得到不同的结果，我在 Python 中得到的结果是错误的。不知何故，我误用了公式。

数据是：

prfs
Sex F   M
Pref        
B   29  17
A   2   12

R 代码是：

library(RVAideMemoire)
G.test(prfs)
G-test

data:  prfs
G = 11.025, df = 1, p-value = 0.0008989

Python 代码是：

stats.power_divergence(prfs, lambda_ = 'log-likelihood')
Power_divergenceResult(statistic=array([28.14366538,  0.86639163]), pvalue=array([1.12635722e-07, 3.51956200e-01]))

stats.power_divergence(prfs, lambda_ = 'log-likelihood', axis = None, ddof = 2)
Power_divergenceResult(statistic=29.07673602201342, pvalue=6.956736686069527e-08)

【问题讨论】：

标签： python r statistical-test

【解决方案1】：

这是一个老问题，但以下答案可能会有所帮助：

obs = np.array([[29,17], [2,12]])
# G test with scipy: 
from scipy.stats import * 
g, p, dof, expctd = chi2_contingency(obs, lambda_="log-likelihood")
print("G={}; df={}; P={}".format(g, dof, p))

输出：

G=8.859368223179882; df=1; P=0.0029158847773319975

数值与R法相似。

上述方法的参考是here。

【讨论】：