R中数据帧之间的Wilcox.test答案

【问题标题】：Wilcox.test between data frames in RR中数据帧之间的Wilcox.test
【发布时间】：2015-11-01 17:20:47
【问题描述】：

我想将 wilcox.test 应用于 R 中我的两个数据帧的每一行。例如，应用于 df1 中的第 1 行和 df2 中的第 1 行，以查看它们是否有显着差异。我有数百行，并期望数百个 P 值成为结果。有 105 列。我不太确定如何编写一个对我的每一对行进行测试的命令，因为它们有数百个。任何帮助表示赞赏！

【问题讨论】：

标签： r

【解决方案1】：

以以下数据为例：

#2 numeric data.frames (all columns are numeric)
#5 rows and 100 columns
set.seed(5)
df1 <- as.data.frame(matrix(runif(500), nrow=5, ncol=100))
df2 <- as.data.frame(matrix(runif(500), nrow=5, ncol=100))

解决方案

#A single lapply is enough to run the wilcox test for each row
lapply(1:nrow(df1), function(i) {
  #you run the wilcox.test for each pair of rows and return the p.value
  wilcox.test(as.numeric(df1[i, ]), as.numeric(df2[i, ]))$p.value
})

输出：

> lapply(1:nrow(df1), function(i) {
+ wilcox.test(as.numeric(df1[i, ]), as.numeric(df2[i, ]))$p.value
+ })
[[1]]
[1] 0.8690001

[[2]]
[1] 0.1390142

[[3]]
[1] 0.7479788

[[4]]
[1] 0.5340455

[[5]]
[1] 0.8459806

【讨论】：

@LysandeR 嗨，我是一个绝对的初学者，我不能完全跟随。数据帧具有以下维度： > dim(A) [1] 700 150 > dim(B) [1] 700 50 我尝试使用 lapply 函数和替换的数据帧名称，我得到：错误：意外'}' in " lapply(1:nrow(A), function(i) {wilcox.test(as.numeric(A[i, ]), as.numeric(B[i, ])$p.value}"
您缺少两个括号......lapply(1:nrow(A), function(i) {wilcox.test(as.numeric(A[i, ]), as.numeric(B[i, ]))$p.value})。试试这个，它会工作的。每当您看到unexpected } or ) 时，就意味着您忘记关闭括号了。