在 R 中创建函数以进行子集化并运行 AUDPC 分析答案

【问题标题】：Creating a function in R to subset and run AUDPC analysis在 R 中创建函数以进行子集化并运行 AUDPC 分析
【发布时间】：2018-09-05 16:16:04
【问题描述】：

我正在尝试对一些数据进行 AUDPC 分析。需要将数据拆分为处理和复制块以进行分析。下面我尝试编写一个函数，目的是拆分数据分析并最终将所有处理块的输出放在一个表/对象中

library("agricolae")
library("plyr")
library("dplyr")
data = read.csv("Bio2018.csv", header = TRUE, sep = ",")
data$Treatment = as.character(data$Treatment)
data$Block = as.character(data$Block)
data$Time = as.numeric(data$Time)
AUDPC.rel = function(Treatment, Block){
  data.Treatment <- subset(data, data$Treatment == Treatment & data$Block == Block)
  AUDPC = data.frame(audpc(data.Treatment$Foci, data.Treatment$Time, type = "absolute"))
}
variables = expand.grid(Treatment = c(unique(data$Treatment)), Block = c(unique(data$Block)))
Relative.AUDPC = mdply(variables,AUDPC.rel)
Relative.AUDPC

输出总是为所有治疗块提供相同的数字。如图：

治疗 - 阻止 - 评估
未经处理 - Rep.1 - 200;
翡翠 - Rep.1 - 200;
Nortica - Rep.1 - 200;
未处理 - Rep.2 - 200;
翡翠 - Rep.2 - 200;
Nortica - Rep.2 - 200;
未处理 - Rep.3 - 200;
翡翠 - Rep.3 - 200;
Nortica - Rep.3 - 200；

【问题讨论】：

标签： r user-defined-functions

【解决方案1】：

考虑使用基本 R 的 by 通过一个或多个因素（例如 Treatment 和 Block）对数据帧进行子集化。因为by 将返回数据帧列表（函数的输出），所以运行do.call 将所有df 元素行绑定到一个最终数据帧。

此外，由于by 跨越多个因素以拆分所有可能的组合，因此为此类特殊的零行子集情况包装一个tryCatch，这可能会引发audpc 调用错误。

# BUILD FUNCTION TO RECEIVE SUBSET DF
AUDPC.rel <- function(sub) {    
  tryCatch(data.frame(Treatment = sub$Treatment[[1]],
                      Block = sub$Block[[1]],
                      Evaluation = audpc(sub$Foci, sub$Time, type = "absolute")),
           error = function(e)
                     data.frame(Treatment = sub$Treatment[[1]],
                                Block = sub$Block[[1]],
                                Evaluation = NA)
           )
}

# CALL BY(), PASSING SUBSETS TO DEFINED FUNCTION
df_list <- by(data, data[c("Treatment", "Block")], AUDPC.rel)

# BUILD SINGLE FINAL DF
final_df <- do.call(rbind, df_list)

【讨论】：

太棒了！很高兴能提供帮助。