对熊猫数据框进行成对测试统计显着性答案

【问题标题】：Pair-wise testing statistical significance on pandas data frame对熊猫数据框进行成对测试统计显着性
【发布时间】：2017-07-27 08:59:44
【问题描述】：

我有一个 pandas 数据框 (100x10)，其中每列代表一些数量，我想使用 t 检验对所有列进行成对测试。而不是遍历列：

stats.ttest_rel(df.iloc[:,i], df.iloc[:,j])

在哪里i!=j，有更清洁的方法吗？类似于相关性的东西：

df.corr()

它计算所有成对相关性。

【问题讨论】：

标签： python pandas t-test

【解决方案1】：

无需自己进行双 for 循环。你可以使用itertools.combinations

results = pd.DataFrame(columns=df.columns, index=df.columns)
for (label1, column1), (label2, column2) in itertools.combinations(df.items(), 2):
    results.loc[label1, label2] = results.loc[label2, label1] = stats.ttest_rel(column1, column2)

【讨论】：

【解决方案2】：

我认为没有直接的方法来创建pair-wise t-test，你可以试试这个

from scipy.stats import ttest_ind
import pandas as pd
import csv
df=pd.read_csv('input.csv')


fo = open('result.csv','wb+')
outfile = csv.writer(fo, delimiter=',')
outfile.writerow((df.columns).insert(0,''))

for i in df.columns:
    t=[]
    for j in df.columns:

        t.append(ttest_ind(df[i], df[j]))
    (t).insert(0,i)
    outfile.writerow(t)

此脚本将为您提供作为 result.csv 的输出文件，告诉您成对的 t 检验计算

【讨论】：