pvclust 上 hclust 生成的树状图

Question

我有兴趣使用 pvclust R 包来确定我使用 R 中的常规层次聚类 hclust 函数生成的集群的重要性。我有一个数据矩阵，其中包含约 8000 个基因及其在 4 个发育时间点的表达值.下面的代码显示了我用来对数据执行常规层次聚类的方法。我的第一个问题是：有没有办法获取 hr.dendrogram 图并将其应用于 pvclust？ 其次，pvclust 似乎对列进行了聚类，并且它似乎更适合跨列而不是像我想要的行进行比较的数据（我已经看到了许多使用 pvclust 对样本而不是基因进行聚类的例子）。有没有人以与我想做的类似的方式使用 pvclust？ 我的常规层次聚类的简单代码如下：

mydata<-read.table("Developmental.genes",header=TRUE, row.names=1)
mydata<-na.omit(mydata)
data.corr <-cor(t(mydata),method="pearson")
d<-as.dist(1-data.corr)
hr<-hclust(d,method="complete",members=NULL)
hr.dendrogram.<-plot(as.dendrogram(hr))

感谢您对此提供的任何帮助！

Answer 1

为什么不先使用pvclust，比如fit<-pvclust(distance.matrix, method.hclust="ward", nboot=1000, method.dist="eucl")。之后fit$hclust 将等于hclust(distance.matrix)。