R中的配置文件置信区间：mle2答案

【问题标题】：profile confidence intervals in R: mle2R中的配置文件置信区间：mle2
【发布时间】：2012-05-15 12:46:51
【问题描述】：

我正在尝试在包bbmle 中使用命令mle2。我正在查看 Bolker 的“使用 bbmle 包的最大似然估计和分析”的 p2。不知何故，我无法输入正确的起始值。这是可重现的代码：

l.lik.probit <-function(par, ivs, dv){
Y <- as.matrix(dv)
X <- as.matrix(ivs)
K <-ncol(X)
b <- as.matrix(par[1:K])
phi <- pnorm(X %*% b) 
sum(Y * log(phi) + (1 - Y) * log(1 - phi)) 
}

n=200

set.seed(1000)

x1 <- rnorm(n)
x2 <- rnorm(n)
x3 <- rnorm(n) 
x4 <- rnorm(n) 

latentz<- 1 + 2.0 * x1 + 3.0 * x2 + 5.0 * x3 + 8.0 * x4 + rnorm(n,0,5)

y <- latentz 
y[latentz < 1] <- 0 
y[latentz >=1] <- 1 
x <- cbind(1,x1,x2,x3,x4)
values.start <-c(1,1,1,1,1)   

foo2<-mle2(l.lik.probit, start=list(dv=0,ivs=values.start),method="BFGS",optimizer="optim", data=list(Y=y,X=x))

这是我得到的错误：

Error in mle2(l.lik.probit, start = list(Y = 0, X = values.start), method = "BFGS",  : 
  some named arguments in 'start' are not arguments to the specified log-likelihood function

知道为什么吗？感谢您的帮助！

【问题讨论】：

values.start 未指定。你必须定义它。 foo2<<-也有错别字。
感谢您的快速回答！我进行了这些更改（我的起始值为 values.start
您是否正在实施probit regression？
我正在做一个异方差概率，公式几乎相同，所以我在这里复制简单概率，这给了我完全相同的问题，起始值似乎被错误指定......但是为什么？
l.lik.probit 的公式很奇怪，因为它将 external 值 x 和 y 分配给它的 arguments X 和Y。此外，对mle2 的调用以两种相互冲突的方式使用了命名参数“X”和“Y”两次。因此，我怀疑您可能正在阅读由一连串错误导致的错误消息，它可能无法反映所有问题。也许您应该先尝试mle2 手册页上的示例，然后逐步修改它们以适应您的情况。

标签： r confidence-interval

【解决方案1】：

你错过了一些东西，但最重要的是默认情况下mle2 采用list 参数；你可以让它接受一个参数vector，但是你必须更加努力。

我在一些地方稍微调整了代码。（我将对数似然函数更改为负对数似然函数，没有它永远不会工作！）

l.lik.probit <-function(par, ivs, dv){
    K <- ncol(ivs)
    b <- as.matrix(par[1:K]) 
    phi <- pnorm(ivs %*% b)
    -sum(dv * log(phi) + (1 - dv) * log(1 - phi)) 
}

n <- 200

set.seed(1000)

dat <- data.frame(x1=rnorm(n),
                  x2=rnorm(n),
                  x3=rnorm(n),
                  x4=rnorm(n))

beta <- c(1,2,3,5,8)
mm <- model.matrix(~x1+x2+x3+x4,data=dat)
latentz<- rnorm(n,mean=mm%*%beta,sd=5)

y <- latentz 
y[latentz < 1] <- 0 
y[latentz >=1] <- 1
x <- mm
values.start <- rep(1,5)

现在我们做合适的。主要是指定vecpar=TRUE并使用parnames让mle2知道参数向量中元素的名称...

library("bbmle")
names(values.start) <- parnames(l.lik.probit) <- paste0("b",0:4)
m1 <- mle2(l.lik.probit, start=values.start,
           vecpar=TRUE,
           method="BFGS",optimizer="optim",
           data=list(dv=y,ivs=x))

正如上面针对这个特定示例所指出的，您刚刚重新实现了概率回归（尽管我知道您现在想要扩展它以允许以某种方式实现异方差...）

dat2 <- data.frame(dat,y)
m2 <- glm(y~x1+x2+x3+x4,family=binomial(link="probit"),
    data=dat2)

作为最后一点，我想说您应该查看parameters 参数，它允许您为任何一个参数指定一个亚线性模型，以及formula 接口：

m3 <- mle2(y~dbinom(prob=pnorm(eta),size=1),
           parameters=list(eta~x1+x2+x3+x4),
           start=list(eta=0),
           data=dat2)

PS confint(foo2) 在此设置下似乎可以正常工作（根据要求提供配置文件 CI）。

ae <- function(x,y) all.equal(unname(coef(x)),unname(coef(y)),tol=5e-5)
ae(m1,m2) && ae(m2,m3)

【讨论】：