将 g++ 编译错误消息从 TMB 库导出到文本文件

Question

我正在尝试在 R 中使用 gcc (c++) 编译模型（使用 TMB 包）。错误如此之多，以至于在 Rstudio 中，我什至无法向上滚动查看它们的开头。因此，我想将控制台中的所有内容（消息、错误和警告）打印到文本文件中。这样我还可以比较不同的模型输出（或者特别是它们的失败）。

我尝试了以下方法：

fileConn<-file("Fail.txt")
writeLines(compile("Mymodel.cpp"), fileConn) 
close(fileConn)

=> 给了我一个空文件（我或多或少期望）

zz <- file("Fail.txt", open = "wt")
sink(zz, type = "message")
compile("Mymodel.cpp")
sink()

=> 只打印最终错误

我忽略了什么？

Answer 1

您尚未提供您的 compile() 函数，但我假设它运行一个调用 g++ 来编译 Mymodel.cpp 的系统命令。

在这种情况下，g++ 进程会将其错误输出打印到 stderr。使用 R 捕获此输出的唯一方法是使用 stderr=T 调用 system2()。请注意，system() 不具备直接捕获 stderr 的能力（尽管它可以通过 intern=T 捕获 stdout，并且您可以将 2>&1 添加到 shell 命令中以捕获 stderr，因此这是另一个可行的选择）。 sink() 不捕获系统命令输出；它只捕获 R 输出。

我建议将您的compile() 函数中的可变参数传递给system2() 调用，从而参数化您对compile() 的调用是否导致g++ 的stderr 进入终端或@ 的返回值987654339@ 功能。这是如何完成的：

write('error!','test1.cpp'); ## generate a test file with invalid C++
compile <- function(file,...) system2('g++',file,...);
compile('test1.cpp'); ## output lost to the terminal
## test1.cpp:1:1: error: ‘error’ does not name a type
##  error!
##  ^
output <- compile('test1.cpp',stdout=T,stderr=T); ## capture output
## Warning message:
## running command ''g++' 'test1.cpp' 2>&1' had status 1
output;
## [1] "test1.cpp:1:1: error: ‘error’ does not name a type"
## [2] " error!"
## [3] " ^"
## attr(,"status")
## [1] 1
write(output,'output.txt'); ## write output to a text file
cat(readLines('output.txt'),sep='\n'); ## show it
## test1.cpp:1:1: error: ‘error’ does not name a type
##  error!
##  ^

---

如果您真的想捕获compile() 函数中生成的所有 输出，则可以将上述解决方案与sink() 结合使用，如下所示：How to save all console output to file in R?。

在这种情况下，我建议放弃可变参数的想法，并为compile() 添加一个附加参数，它将采用一个输出文件名，所有输出都将写入其中。

这将需要对附加参数缺失的几个预测：

write('error!','test1.cpp'); ## generate a test file with invalid C++
compile <- function(file,outputFile) {
    if (!missing(outputFile)) {
        outputCon <- file(outputFile,'wt'); ## require file name
        sink(outputCon);
        sink(outputCon,type='message'); ## must sink messages separately
        warn.old <- options(warn=1)$warn; ## necessary to capture warnings as they occur
    }; ## end if
    cat('some random output 1\n');
    if (!missing(outputFile)) {
        output <- system2('g++',file,stdout=T,stderr=T); ## before flush to get warnings
        sink(); ## force flush before appending system command output
        sink(type='message');
        outputCon <- file(outputFile,'at'); ## must reopen connection for appending
        write(output,outputCon);
        sink(outputCon);
        sink(outputCon,type='message');
    } else {
        system2('g++',file);
    }; ## end if
    cat('some random output 2\n');
    if (!missing(outputFile)) {
        sink();
        sink(type='message');
        options(warn=warn.old);
    }; ## end if
}; ## end compile()
compile('test1.cpp'); ## output lost to the terminal
## some random output 1
## test1.cpp:1:1: error: ‘error’ does not name a type
##  error!
##  ^
## some random output 2
compile('test1.cpp','output.txt'); ## internally capture all output
cat(readLines('output.txt'),sep='\n'); ## show it
## some random output 1
## Warning: running command ''g++' test1.cpp 2>&1' had status 1
## test1.cpp:1:1: error: ‘error’ does not name a type
##  error!
##  ^
## some random output 2

Answer 2

这是一个老问题，但我找到了一个简单的解决方案来获取TMB::compile 的日志文件输出，我在其他任何地方都没有找到。
如上所述， sink() 不会捕获系统命令输出；它只捕获 R 输出。 但是，库 TMB 的函数 compile 中未列出的任何参数都作为 Makeconf 变量传递。因此，您只需要以字符串格式传递带有目标日志文件路径的经典输出命令：

TMB::compile(file = "Mymodel.cpp", "&> /tmp/logfile.log")