如何将多个目录中的多个文件读入 R 进行处理？答案

【问题标题】：How can I read multiple files from multiple directories into R for processing?如何将多个目录中的多个文件读入 R 进行处理？
【发布时间】：2011-09-11 05:34:58
【问题描述】：

我正在运行一项模拟研究，需要处理和保存来自多个文本文件的结果。我以这样一种方式组织数据，其中有子目录，在每个子目录中，我需要处理并获取 1000 个数据文件的单独结果。这在 SAS 中使用宏很容易做到。但是，我是 R 新手，无法弄清楚如何做到这一点。以下是我想要完成的。

DATA Folder-> DC1 -> DC1R1.txt ... DC1R1000.txt
              DC2 -> DC2R1.txt ... DC2R1000.txt

任何帮助将不胜感激！

【问题讨论】：

试试list.files。 stackoverflow.com/search?q=%5Br%5D+list.files

标签： r batch-file

【解决方案1】：

我现在不在使用 R 的计算机附近，但请阅读文件相关功能的帮助：

dir 函数将列出文件和目录。它有一个递归参数。 list.files 是 dir 的别名。 file.info 函数将告诉您（除其他外）路径是否为目录，file.path 将组合路径部分。

basename 和 dirname 函数也可能有用。

请注意，所有这些函数都是矢量化的。

编辑现在在电脑上，下面是一个例子：

# Make a function to process each file
processFile <- function(f) {
  df <- read.csv(f)
  # ...and do stuff...
  file.info(f)$size # dummy result
}

# Find all .csv files
files <- dir("/foo/bar/", recursive=TRUE, full.names=TRUE, pattern="\\.csv$")

# Apply the function to all files.
result <- sapply(files, processFile)

【讨论】：

感谢大家的回复！ @Tommy .....到目前为止，您的编码工作正常......手指交叉......我有 768 个数据条件，每个条件下有 1000 个模拟文件。处理需要一段时间，所以我会在完成后给出一个状态。

【解决方案2】：

如果您需要对每个文件运行相同的分析，则可以使用list.files(recursive = T) 一次性访问它们。这是假设您已经将工作目录设置为Data Folder。 recursive = T 也列出了子目录中的所有文件。

【讨论】：

感谢拉姆纳特。我从来没有 list.files 但会试一试。到目前为止，Tommy 的编码工作正常。

【解决方案3】：

filenames <- list.files("path/to/files", recursive=TRUE) 这将为您提供位于一个文件夹下的所有文件及其下的子文件夹。

【讨论】：

【解决方案4】：

您可以使用 Perl 的 glob () 函数获取文件列表并将其发送到 R 使用，例如，RSPerl 的接口。

【讨论】：

嗨，Ltamar。我不熟悉 Perl。我是一名统计学家，从来没有需要使用这样的。虽然....我听说它很强大。