【问题标题】:How to stop RMarkdown from generating huge knit / utf8 files如何阻止 RMarkdown 生成巨大的 knit / utf8 文件
【发布时间】:2019-06-30 03:38:55
【问题描述】:

每当我运行代码块时,Rmarkdown 都会生成大文件。我最初认为是knitr::opts_chunk$set(echo=FALSE, message=FALSE) 导致了问题,但即使我删除了该行,问题仍然会再次出现。

yaml 标头非常基础:

---
title: "R Notebook"
output: html_notebook
---

我在笔记本中使用的选项非常基本,主要是 fig.width 和 fig.height 选项。我还在笔记本中运行了 30 多个嵌套模型,因此这可能是现在问题的根源(以前不是问题)。

我也收到Error creating notebook: pandoc document conversion failed with error 251.

我该如何解决这个问题?

【问题讨论】:

  • 您是在编织或运行笔记本的大块,还是什么?它们很大的原因是因为它们以某种形式包含您的数据——绘图的图像,或打印的数据框或其他东西——而 Rmd 只是代码。不过,这并不能真正解释它们为什么会在那里。除非您另有说明,否则通常在 pandoc 运行并生成 HTML 或 PDF 或其他任何内容后,markdown 会被删除。
  • 没有看到您在文档中设置的 yaml 标头和选项(可能还有 render 调用的参数,如果有的话),这有点猜测。你能提供这些信息吗?
  • 我的意思是说,每当我运行笔记本的大部分内容时都会发生这种情况,并且每次都会冻结我的笔记本电脑。我还添加了我的 yaml 标头,希望对您有所帮助。
  • 仅 yaml 标头是不够的。您可能需要创建一个 minimal reproducible example,即我们可以只需复制粘贴即可运行的脚本和数据。

标签: r r-markdown


【解决方案1】:

显然,保存多个 fig.width 和 fig.height 设置为 10 以上的图像会生成巨大的图像文件/markdown 文件。删除多个图像输出后,我不再遇到此问题。

【讨论】:

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