在 knit2html 中指定输出文件时，“文件错误”而不是“eval 错误”答案

【问题标题】："Error in file" instead of "Error in eval" when specifying output file in knit2html在 knit2html 中指定输出文件时，“文件错误”而不是“eval 错误”
【发布时间】：2014-04-07 16:02:22
【问题描述】：

我正在从一个名为“template.Rmd”的 Rmd 文件中制作多个 html 报告。使用函数 knit2html() 时，会出现误导性错误消息“无法打开连接”，而实际上该错误是由于代码错误，例如缺少变量。下面我通过一个小例子来说明：

Template.Rmd 包含这个内联 R 代码：

`r missing_variable`

当我不指定输出文件时，我会收到一条有用的错误消息

> knit2html("docs/template.Rmd")
Quitting from lines 2-4 (docs/template.Rmd) 
Error in eval(expr, envir, enclos) : object 'missing_variable' not found

当我指定输出文件时，我收到一条误导性的错误消息

> knit2html("docs/template.Rmd", "docs/template.html")
Warning in file(file, ifelse(append, "a", "w")) :
cannot open file 'docs/template.html': No such file or directory
Error in file(file, ifelse(append, "a", "w")) : 
cannot open the connection

这是与knitr相关的问题吗？

【问题讨论】：

标签： r knitr r-markdown

【解决方案1】：

我无法在 CRAN 上使用最新版本的 R 和 knitr 重现您的问题，但在大多数情况下，您不需要指定 output 参数，强烈不推荐使用包含目录名称的输出路径，例如docs/template.html（请参阅?knit 中的注释部分）。在您的情况下，只需将工作目录切换到 docs 并运行 knit2html()，例如

setwd('docs')
knit2html('template.Rmd')  # generates template.html

【讨论】：

我想从一个模板生成多个输出文件。每个输出文件需要不同的名称。 [Hadley]() 和您自己建议避免在脚本中使用 setwd()。这就是为什么我尽量避免使用它。目前我正在使用setwd("docs"); tryCatch(knit("template.Rnw"), finally= setwd(project_dir))
为了澄清，我们建议不要使用setwd() inside Rmd 文档，或before knit()，而不是避免使用setwd()完全地。当然，在很多合法的情况下，setwd() 是必要且有用的。
感谢您的回复...?knit 中的注释部分说“强烈建议在当前工作目录中”。我真的不明白为什么knit2html() 的输出路径不应该包含目录名，但我感觉一定有一个强有力的理由。很遗憾，您无法重现我在问题中提到的错误。 ...要从一个 .Rmd 模板创建多个 html 报告，然后我将在 /docs 目录中的 setwd() 并在每个 knit2html() 之后使用 file.copy() 重命名每个输出文件。
原因是外部依赖。例如，一个 HTML 文件可能依赖于外部图像（默认在当前工作目录下的 figures/ 目录下，例如 ~/wd/）；如果将输出的 HTML 文件写入docs/foo.html，将找不到图像<img src='figures/bar.png' />，因为HTML 页面会查找~/wd/docs/figures/bar.png，但图像实际上是~/foo/figures/bar.png。 CSS、JS、缓存文件等也是一样。如果你file.copy()，你需要考虑这些依赖关系，虽然markdown默认会base64编码图像。