knitr 不会将 R 输出注入 pandoc/markdown 文档

Question

我正在尝试使用knitr 将R 代码及其输出注入pandoc/markdown 文档中。但我没有让 knitr 注入 R 输出。我尝试用r and with{r} 装饰 R 块。两者都不起作用。这是我的示例设置（使用```r）：

首先显示我发出的命令，然后列出该命令随后使用的两个文件。

这里是shell的命令：

$ r CMD BATCH knitme.R

knitme.R的内容：

library("knitr")
pandoc("foo.md")

foo.md的内容：

# My knitr test

```r
1+1
```

Did this print *the result* as well?

Here a graph:

```r

plot(1:10)
```

And where is the graph?

运行命令后，我确实得到了一个新文件foo.html。这里是它的内容：

<h1 id="my-knitr-test">My knitr test</h1>
<pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span class="dv">1+1</span></code></pre>
<p>Did this print <em>the result</em> as well?</p>
<p>Here a graph:</p>
<pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r">
<span class="kw">plot</span>(<span class="dv">1</span>:<span class="dv">10</span>)</code></pre>
<p>And where is the graph?</p>

这个结果表明pandoc转换了输​​入文件foo.md，*但是knitr没有注入执行R代码的输出。

我错过了什么？任何帮助表示赞赏！

Answer 1

您应该首先在 R Markdown (*.Rmd) 文档上调用 knit()，这会生成一个 Markdown (*.md) 文档，此时您可以运行 pandoc()。

library(knitr)
knit('foo.Rmd')
pandoc('foo.md')

flaky 网站上提到的示例 084 和 088 中的 R 脚本已经说明了如何。另请查看 Rmd 文档以了解 R Markdown 中 R 代码块的语法。如果你还有 5 分钟的时间，看看首页的视频，我想所有的困惑都应该消失了。